DRIP-seq与Arraystar LncRNA芯片、MeDIP-seq或者CHIP-seq联合分析,可为揭示R-loop在表观遗传以及转录调控中的重要功能提供有价值的研究视角。 R-loop通过影响DNA甲基化调控mRNA转录 有研究发现,在运动神经元疾病肌萎缩侧索硬化(ALS4)病人中,senataxin突变导致BAMBI(TGFβ的负调控因子)启动子R-loop含量降低,进而促进...
E. 通过HOMER分析AMPK突变体与WT DRIP-seq鉴定的四个富集的de novo motif。 F. 上:注释和R-loop peaks定位分析,显示peaks比对到启动子-TSS、转录终止位点(TTS)、外显子、内含子和其他区域。在aak-1/2突变体中,peaks主要累积在启动子-TSS区域。 G. 下:WT或饥饿aak-1/2突变体F2后代DRIP-seq信号分布饼图,...
作者通过康成生物|数谱生物R-loop DRIP-seq检测了LUAD细胞中R-loop调控因子FANCI敲低前后的R-loop分布变化,验证了R-loop与癌症进展的密切相关。这项研究清晰地展示了R-loop的异常形成在癌症发展中的前因后果,诱导R-loop异常发生的原因及其产生的严重后果对于设计肿瘤的个性化治疗至关重要,并将指导在R-loop或R-loo...
ChIP-seq和DRIP-seq在本研究中的作用 DRIP-seq(DNA-RNA免疫沉淀测序)和ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)是两种关键的高通通量测序技术,分别用于研究R-loop的形成和组蛋白修饰的分布, DRIP-seq和ChIP-seq在本研究中共同揭示了AMPK缺失如何通过H3K4me3的异常沉积导致R-loop的形成,进而引发基因组不稳定性。 DRIP-seq专注...
虽然染色质在DNA修复中的作用已经被研究,但染色体折叠在这些过程中的作用尚不清楚。研究人员进行了γ组蛋白2AX(gH 2AX)染色质免疫沉淀,然后进行测序(ChIP-seq)和直接DSB作图来检测DSB。从人DIvA细胞系收集的Hi-C数据用于研究三维(3D)基因组结构,添加羟基他莫昔芬(OHT)以在确定的位点引起许多DSB。
R-loop 测序(DRIPc-seq) 简介 R-loop 测序分析优势 实验流程 结果展示 R-loop是由转录的RNA链与打开的双链DNA其中一条模板链发生碱基互补配对,形成RNA-DNA杂合链,同时使未配对的另一条DNA链游离在外组成的三方结构 。它们分布广泛,占哺乳动物基因组的 5% 。R-loop经常出现在基因组的启动子和转录终止位点, ...
对细胞进行培养后提取基因组DNA、,并用多种限制酶的cooktial对DNA进行打断,随后用S9.6抗体对R loop进行捕获,后续直接进行DNA建库,这叫做DRIP-seq
S1-DRIP-seq identifies high expression and polyA tracts as major contributors to R-loop formation. Genes Dev. 2016; 30(11):1327-38. https://doi. org/10.1101/gad.280834.116 PMID: 27298336; PubMed Central PMCID: PMCPMC4911931.Wahba,L., Costantino,L., Tan,F.J., Zimmer,A. and Koshland...
DNA:RNA Immunoprecipitation from S pombe Cells for qPCR and Genome-Wide Sequencing ssDRIP-seqBy temporarily distorting the DNA double helix, the moving RNA polymerases can lead to the formation of non-B DNA structures. One of the ... L Vachez,C Teste,V Vanoosthuyse - 《Methods in ...
推动基因转录研究的潮流与机遇就在于对R-loop的深入了解。传统技术如DRIP-seq的复杂性让许多研究者却步,而R-loop CUT&Tag以其简化的流程、大幅提升的信号富集率,为研究者提供了前所未有的便利。这无疑意味着科学家们将能更快反应,探索基因调控的更深层次。