1.请根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl 基因ID 对应的基因名(symbol) 包中自带函数toTable可以将各种命名方式转换为数据框 其中每种命名方式都和共同的gene_id对应,可以通过gene_id对各个命名数据框进行联结操作。 > head(toTable(org.Hs.egENSEMBL)) gene_id ensembl_id 1 1 ENSG00000121410 2 2 ENSG0000...
#[1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLPROT"#"ENTREZID"#[7] "ENZYME" "EVIDENCE" "EVIDENCEALL" "GENENAME" "GO" "GOALL"#[13] "IPI" "MAP" "OMIM" "ONTOLOGY" "ONTOLOGYALL" "PATH"#[19] "PFAM" "PMID" "PROSITE" "REFSEQ" "SYMBOL" "UCSCKG" 确保数据格式为数据框 ...
gene_symbo_5281=pd.read_csv("F:\\bioinformatics\\20220806\\data\\GSE5281\\ids5281.csv") 1. 2. 查看数据 print(data_5281) print(gene_symbo_5281) 1. 2. 可以发现,data_5281中的探针ID与gene symbol文件中探针ID不同,区别在于data_5281中的探针ID有双引号,为了方便后续操作,下面就先去掉双引号 ...
dt$geneid<-rownames(dt)#transform idmap_dt <- bitr(dt$geneid, fromType ="ENTREZID",toType = c("SYMBOL"),OrgDb =org.Hs.eg.db) dt_merge <- merge(map_dt,dt, by.y ="geneid", by.x ="ENTREZID") rownames(dt_merge) <- dt_merge$SYMBOLdt_merge$SYMBOL<-NULL dt_merge$ENTREZID...
R语言ENTREZID ID 转换 gene SYMBOL library(data.table) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) setwd("example") dt <- read.table("VanAllen.self_subtract", sep ="\t", header =T) dt$geneid<-rownames(dt)#transform idmap_dt <- bitr(dt$geneid, fromType ="ENTREZID",toType =...
dplyr::filter(type=="gene",gene_biotype=="protein_coding")%>% dplyr::select(c(gene_name,gene_id,gene_biotype))%>% dplyr::inner_join(my_data, by ="gene_id") # onlyselect the protein coding genes. mRNA_exprSet<-mRNA_exprSet[!duplicated(mRNA_exprSet$gene_name),] ...
在TCGA数据下载后,得到的常常是ENSG号,而我们在文章中常用到的是genesymbol和/或geneid,如何转换呢?代码如下 首先需要普及的一个问题,我们下载的ENSG数据中常常有小数点,小数点后面的表示的版本类型,所有,在进行匹配时需要删除小数点后面的,一般情况下ENSG一共是15位,所有保留前15位字符就可以了。 ##read.delim(...
colnames(humanGTF) <- c("symbol","gene_id") humanGTF$gene_id <- str_split(humanGTF$gene_id,"[.]",simplify = T)[,1] # ICGC的基因名字不包括版本号,这里需要对ENSEMBL进行整理,删除“.”和后面的数字 humanGTF <- unique(humanGTF) %>% dplyr::select(gene_id,symbol) # 去重 ...
下面以人类基因为例: library('biomaRt')mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensem...
gene symbol转成Entrez gene ID 代码语言:javascript 复制 entriz<-mapIds(org.Hs.eg.db,keys=m6a_sym,keytype="SYMBOL",column="ENTREZID")entriz 当然也可以一次性转换到多种ID 代码语言:javascript 复制 #一次性转换到ENSEMBLID,ENTREZID和UNIPROTIDAnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db,keys=m6a_sym,keytyp...