gene symbol转成Entrez gene ID entriz<-mapIds(org.Hs.eg.db,keys=m6a_sym,keytype="SYMBOL", column="ENTREZID")entriz 当然也可以一次性转换到多种ID #一次性转换到ENSEMBLID,ENTREZID和UNIPROTIDAnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db,keys=m6a_sym,keytype="SYMBOL",columns=c("ENSEMBL","ENTREZID","...
Ensembl_ID <- data$Ensembl_ID # 采用bitr()函数进行转换 gene_symbol <- bitr(Ensembl_ID, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "ENTREZID"), OrgDb="org.Hs.eg.db") # 查看转换的结果 head(gene_symbol) data=data.frame(gene_id,data[match(gene_id$ENSEMBL,data$Ensembl_ID),])#匹配到...
1.请根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl 基因ID 对应的基因名(symbol) 包中自带函数toTable可以将各种命名方式转换为数据框 其中每种命名方式都和共同的gene_id对应,可以通过gene_id对各个命名数据框进行联结操作。 > head(toTable(org.Hs.egENSEMBL)) gene_id ensembl_id 1 1 ENSG00000121410 2 2 ENSG0000...
convert_gene_id_to_symbol函数接受一个基因ID作为输入,并在gene_mapping中查找匹配的symbol。然后,我们使用sapply函数将这个转换函数应用于一个基因ID列表gene_ids,从而得到一个基因symbol列表gene_symbols。 请注意,这个示例中的基因ID和symbol是虚构的,仅用于演示目的。在实际应用中,你需要使用真实的基因ID和symbol映...
print('ids中不重复基因的个数:',len(set(gene_symbo_5281['symbol']))) ##运行结果:ids中不重复基因的个数: 20857 1. 2. 3. 上述结果说明gene symbol文件中存在一个基因对应多个探针的情况,别急,一步一步地来。 准备提取在ids中存在gene symbol ID的那些数据: ...
R语言ENTREZID ID 转换 gene SYMBOL library(data.table) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) setwd("example") dt <- read.table("VanAllen.self_subtract", sep ="\t", header =T) dt$geneid<-rownames(dt)#transform idmap_dt <- bitr(dt$geneid, fromType ="ENTREZID",toType =...
R语言ENTREZID ID 转换 gene SYMBOL library(data.table) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) setwd("example") dt <- read.table("VanAllen.self_subtract", sep ="\t", header =T) dt$geneid<-rownames(dt)#transform idmap_dt <- bitr(dt$geneid, fromType ="ENTREZID",toType =...
(例如GSE42872平台信息没有对应的symbol),寻寻觅觅, 只能放出终极大招——通过bitr()函数进行转化 强制将ID转成我们需要的symbol格式 !注意,这个方法不一定可以将全部的ID转化成gene symbol 下载数据 首先打开这两个R包 如果没有这两个R包,就运下面的代码进行下载 ...
dplyr::filter(type=="gene",gene_biotype=="protein_coding")%>% dplyr::select(c(gene_name,gene_id,gene_biotype))%>% dplyr::inner_join(my_data, by ="gene_id") # onlyselect the protein coding genes. mRNA_exprSet<-mRNA_exprSet[!duplicated(mRNA_exprSet$gene_name),] ...
#ID转换,把gene_symbol转换成ENTREZID。 SYMBOL2ENTREZID<- bitr(genes_list, fromType ="SYMBOL",toType ="ENTREZID",OrgDb ="org.Hs.eg.db",drop =T)## 由symbol转换为ENTRZIDclass(SYMBOL2ENTREZID) dim(SYMBOL2ENTREZID) enrich_result<- enrichGO(gene =SYMBOL2ENTREZID$ENTREZID,## 富集分析org...