经学习(向大神请教)后,修改了一下range的大小【+scale_size_continuous(range = c(4.5,7.5))】,如下图: 图2 修改后的泡泡图 附代码: library(ggplot2) pathway = read.csv("1KEGG.csv",header=TRUE,row.names=1,check.names = FALSE) p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,pathway)) p=p + geom_point(...
通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过,这次介绍下富集分析泡泡图, 其展示的信息是最为全面的,也是比较抓人眼球的。 做基因功能富集分析、KEGG富集分析、GSEA分析首选clusterProfiler,Y叔的良心之作,数据集更新及时,结果准确,自带语义分析合并相似条目、出图漂亮。 但有时出来的结果还需要进行...
横轴表示差异基因占比,数值越大表示富集程度越大 纵轴表示富集的通路,越靠上的通路越显著 气泡的颜色表示pvalue的大小(越红表示pvalue的负对数越大,pvalue越小) 气泡大小表示差异基因个数,越大则数量越多 功能富集分析泡泡图用来展示一组基因参与哪些功能调节通路,有利于理解基因的功能和潜在意义,这次跟着生信宝典的...
通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过,这次介绍下富集分析泡泡图, 其展示的信息是最为全面的,也是比较抓人眼球的。 做基因功能富集分析、KEGG富集分析、GSEA分析首选clusterProfiler,Y叔的良心之作,数据集更新及时,结果准确,自带语义分析合并相似条目、出图漂亮。 但有时出来的结果还需要进行...
气泡图 气泡图,一种信息表达的新方式。相信拥有多种作图技能的加持,你的工作能力在职场能更巧妙的展现。气泡图,即以气泡形状为主,绘制展示信息的图。它可以直接做散状气泡,可以与坐标系结合,也可以在它们之间用各种连接线表达关系。 1、数据标签要明确
R语言学习-富集分析泡泡图刚一出品,Y叔就说有硬伤。Y叔是著名富集分析软件clusterprofiler的原创,而且软件内集成dotplot, enrichmap,cnetmap(后续也实现这两个的一步出图)等画图方法,具体看这个教程http://guangchuangyu.github.io/2016/01/go-analysis-using-clusterprofiler/或Biobabble公众号。
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这里我们用pizza的价格,但是由于价格比较大,避免到时泡泡太大,所以所有价格统一除以40,相当于数值的标化。 xlab="delivery time", ylab="temperature", col=SetAlpha(as.numeric(d.pizza$area)+2, .5), #这个函数值得说道一下,之前我们为了显示出透明的效果,用的是调色板##函数,这个函数叫做SetAlpha,顾名思...
R语言 - 箱线图一步法 R语言 - 火山图 R语言 - 富集分析泡泡图 R语言 - 散点图绘制 R语言 - 韦恩图 R语言 - 柱状图 R语言 - 图形设置中英字体 R语言 - 非参数法生存分析 R语言 - 绘制seq logo图 WGCNA分析,简单全面的最新教程 psych +igraph:共表达网络构建 一文学会网络分析——Co-occurrence网络图...
# 读取数据nations <- read_csv("nations.csv")# 过滤 2016 年的数据nations2016 <- nations %>% filter(year==2016)# 绘制泡泡图ggplot(nations2016, aes(x= gdp_percap, y = life_expect)) + xlab("GDP per capita") + ylab("Life expectancy at birth") + theme_minimal(base_size=12, base_...