经学习(向大神请教)后,修改了一下range的大小【+scale_size_continuous(range = c(4.5,7.5))】,如下图: 图2 修改后的泡泡图 附代码: library(ggplot2) pathway = read.csv("1KEGG.csv",header=TRUE,row.names=1,check.names = FALSE) p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,pathway)) p=p + geom_point(...
通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过,这次介绍下富集分析泡泡图, 其展示的信息是最为全面的,也是比较抓人眼球的。 做基因功能富集分析、KEGG富集分析、GSEA分析首选clusterProfiler,Y叔的良心之作,数据集更新及时,结果准确,自带语义分析合并相似条目、出图漂亮。 但有时出来的结果还需要进行...
气泡图,一种信息表达的新方式。相信拥有多种作图技能的加持,你的工作能力在职场能更巧妙的展现。气泡图,即以气泡形状为主,绘制展示信息的图。它可以直接做散状气泡,可以与坐标系结合,也可以在它们之间用各种连接线表达关系。 1、数据标签要明确 在绘制气泡图时,要确保标签清晰,让人一眼就能明白,尤其是在做数据气...
今天用clusterprofiler做了富集分析,运用dotplot配合不同参数出了图;过几天心情一变,想换个风格了,怎么办?再运行一次clusterprofiler还是加载之前存储的.Rdata。好像都不太方便,还是用导出的文本一步出图吧。 关于硬伤 示例图中没有overlap不是绘图脚本的问题,是数据筛选的问题。脚本如实反映筛选出的数据。如果选择的...
Patchwork是R编程语言的软件包,可通过类似于数学的简单语法简化数据可视化布局。 The Patchwork Hex Sticker 拼布六角贴纸 The Composer of ggplots ggplots的作曲家 With Patchwork the task of combining and organizing ggplots is very easy and can produce ornate visualizations with simple code. ...
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R 语言绘制功能富集泡泡图 功能富集泡泡图 功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路,对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用,也是文章发表中一个有意义的美图。通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过,这次介绍下富集分析...
功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路,对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用,也是文章发表中一个有意义的美图。通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过,这次介绍下富集分析泡泡图, 其展示的信息是最为全面的,也是比...
功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路,对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用,也是文章发表中一个有意义的美图。通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过,这次介绍下富集分析泡泡图, 其展示的信息是最为全面的,也是比...
拓端tecdat|R 语言绘制功能富集泡泡图 原文链接:http://tecdat.cn/?p=4321 功能富集泡泡图 功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路,对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用,也是文章发表中一个有意义的美图。通常会用柱状图、泡泡图和热图进行...