以目前占全球95%市场份额的10X Genomics Chromium转录组测序为例,它主要是将细胞与逆转录试剂预混在一起,通过微流控芯片的一条通道,与另一通道中的携带百万个不同barcode(标签)的gel beads(凝胶珠)相遇,穿过油幕的同时被包裹在一个油滴中,便可以轻松得到一个细胞和一个凝胶珠包在一起的油包水滴GEMs(图3)。
R语言在生物信息学和生物学研究中是一种常用的编程语言,它提供了丰富的工具和库来处理和分析生物数据。其中,一个重要的R包是scater,它是一个专为单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析而设计的包,为研究人员在处理、可视化和理解单细胞数据方面提供了强大的支持。 scRNA-seq技术已经成为了研究单个细胞基因表达的主要手段。
单细胞转录组(scRNA-seq)数据分析 | Scanpy数据可视化绘制发表级别Figure 2.2万 30 44:57 App 单细胞转录组测序分析流程(多样本harmony整合去批次)【手把手教】 4.6万 581 1:32:11 App 【生信纯干货】 生信分析手把手教学 第六课 4.9万 14 22:31:56 App 【研究生】R语言学习教程 浏览...
1.使用excel打开文件需要滑到最后将注释信息删掉。 2.复制所有数据,新建一个文件命名为matrix.txt,将刚刚所复制的数据粘贴到新建的文本文件。 除了刚刚所建立的文本文件之外还需要human.gtf以及一个perl脚本(两个文件过大,无法上传,我将文件的百度网盘链接放到了微信公众号里了,可以自行去下载). 3.打开电脑的cmd输...
1. 常用单细胞R包的安装 05:48 2. 单细胞Seurat对象的层级结构,单细胞数据分析 09:51 3. 单细胞Seurat对象的读入方式,单细胞数据分析 25:21 4. 单细胞的质量控制,单细胞数据分析 14:10 5. 寻找双细胞(DoubletFinder),单细胞数据分析 07:12 6. 去除细胞周期的影响,单细胞数据分析 04:50 7. 标准化,高...
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单细胞测序的数据分析 R语言 单细胞测序研究思路,一、单细胞及普通转录组比较单细胞转录组测序(scRNA-seq)在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱,反映细胞异质性,发现新的细胞类型,了解细胞表达调控机制。通过选取不同时间点的样本,再进行单细胞转录组测序,能够
单细胞测序数据多种格式读取,GEO数据库下载以及读取方法【单细胞分析第一课】 散装生信散哥 单细胞测序分析-重要内容差异基因分析 生信123 【医学生的单细胞指南】5.差异基因富集分析 Doctor小凯 22:31:56 【研究生】R语言学习教程 Return3656 3.3万12
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