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R语言在生物信息学和生物学研究中是一种常用的编程语言,它提供了丰富的工具和库来处理和分析生物数据。其中,一个重要的R包是scater,它是一个专为单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析而设计的包,为研究人员在处理、可视化和理解单细胞数据方面提供了强大的支持。 scRNA-seq技术已经成为了研究单个细胞基因表达的主要手段。
以目前占全球95%市场份额的10X Genomics Chromium转录组测序为例,它主要是将细胞与逆转录试剂预混在一起,通过微流控芯片的一条通道,与另一通道中的携带百万个不同barcode(标签)的gel beads(凝胶珠)相遇,穿过油幕的同时被包裹在一个油滴中,便可以轻松得到一个细胞和一个凝胶珠包在一起的油包水滴GEMs(图3)。
一、单细胞及普通转录组比较 单细胞转录组测序(scRNA-seq)在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱,反映细胞异质性,发现新的细胞类型,了解细胞表达调控机制。通过选取不同时间点的样本,再进行单细胞转录组测序,能够在单细胞水平获得基因“时间动态表达”的信息。单细胞侧重于在哪里表达及有无表达,传统测序侧重于表达...
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3.打开电脑的cmd输入perl -v检查你电脑是否有perl,如果没有百度搜索perl根据自己电脑系统进行下载,然后cd+空格+你的路径然后输入perl 脚本名称 等待光标回到大于号时代表脚本执行完毕,会发现文件夹下会出现一个geneMatrix文本文件,这就是整理好的数据。 单细胞测序流程(二)数据整理到这里就结束了...
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