Pysam 是一个 python 模块,可以轻松读取和操作存储在 SAM/BAM 文件中的映射短读取序列数据。它是htslib C-API 的轻量级包装器。 本文大致介绍一些常规用法,想补充的可以自行查看文档 官方文档地址 https://pysam.readthedocs.io/en/latest/api.html# bam/sam文件操作 AlignmentFile类 AlignmentFile(filepath_or_object...
灰框:pysam.FastaFile(),因为在bam文件里是没有保存ref的碱基,所以需要重新读取fasta 紫框:pysam.AlignmentFile,最重要的属性为pileup,即绿框 绿框:由PileupColumn组成的迭代器 红框:PileupColumn,最重要的属性为pileups,pileups是由PileupRead组成的列表 ...
importpysam# 打开BAM文件bamfile=pysam.AlignmentFile("example.bam","rb")# 设定一个质量阈值quality_threshold=30# 遍历BAM文件中的每个比对记录forreadinbamfile:# 检查比对质量,只有质量高于阈值的记录才会被处理ifread.mapping_quality>=quality_threshold:print("Filtered Sequence:",read.query_sequence)print("...
1. class pysam.VariantFile() Parameters: mode:文本文件模式有r和w,如果是压缩文件要加上b,rb或者wb,pysam也能自动检测文件类型 f1 = pysam.VariantFile('ex1.vcf','r') f1 = pysam.VariantFile('ex1.vcf.gz,'rb') f1 = pysam.VariantFile('ex1.vindex_filename(string) 以上写法都正确 index_fil...
pysam需要的Python版本及使用示例 引言 在生物信息学领域,我们经常需要处理大规模的DNA或RNA测序数据。pysam是一个用于读取、写入和处理测序数据的Python库,它提供了简单且高效的接口来操作测序文件。然而,为了使用pysam,我们需要确保我们的Python版本符合要求。
pysam共有15个方法/函数/属性,点击链接查看相应的源代码示例。 1.pysam.AlignmentFile(),74个项目使用 2.pysam.Samfile(),44个项目使用 3.pysam.index(),22个项目使用 4.pysam.FastaFile(),19个项目使用 5.pysam.sort(),15个项目使用 6.pysam.AlignedSegment(),14个项目使用 ...
简单来说就是一个存取数据库一样的东西,利用pysam功能可以实现提取文本,OK。 一、安装环境部署 打开cmd然后 pip install pysam C:\Users\hasee>pip install pysam Collecting pysam Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/73/59/c319f1bde3019bbce4583cecb12b9e3e52ffcfbe2c96d8b1fb131c0d4fb7...
1. pysam 的安装 pysam 已经在 pypi 中包含,可以直接使用 命令安装 2. pysam 的使用 2.1 统计 bam 文件中总 reads 数目以及比对到参考基因组上的 reads 数目 利用 对象,我们可以使用 方法快速统计其中的比对片段数目,然而由于存在一条 read 比对到基因组中多个位置的情况,因此直接统计的比对片段数目与 reads 数...
现在又回头来处理fasta,读取可以用pysam,可以很省力,输出就用python,因为结构很简单。 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 importpysam all_fasta=pysam.FastaFile("all.human.protein.fasta") all_fasta.references[0] all_fasta.fetch(all_fasta.references[0]) ...
1importpysam23bf = pysam.AlignmentFile("in.bam","rb"); 其中r = read, b:binary. 二进制文件。 bam文件index bf是一个迭代器,可以next()或者for读取 1foriinbf:2printi.reference_name,i.pos,i.mapq,i.isize 结果: 1ctg000331_np121 144935 27 -2842ctg000331_np121 144940 48 2913ctg000331_...