在这种情况下,您可以考虑使用conda来安装pysam,因为conda通常会自动处理这些依赖关系。 4. 使用conda安装pysam(可选) 如果您还没有安装Anaconda或Miniconda,请先前往Anaconda官网下载并安装。 安装完Anaconda或Miniconda后,打开命令行,创建一个新的conda环境(可选,但推荐),然后在这个环境中安装pysam
生物信息基础:基因组文件读写(pysam) Pysam是一个Python模块,它打包了高通量测序库htslib的C-API,可用于读写基因组相关文件,如Fasta/Fastq,SAM/BAM/CRAM,VCF等。本文以Fasta/Fastq文件的读写为例,介绍Pysam的用法,详细教程请查看官网。 Install pip install pysam 或者 conda install pysam Fasta files 对于Fasta文...
用pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件; FastaFile:读取fasta序列文件; FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个。 例子: 1importpysam23bf = pysam.Align...
Current conda install: platform : osx-64 conda version : 4.2.13 conda is private : False conda-env version : 4.2.13 conda-build version : 1.18.2 python version : 2.7.12.final.0 requests version : 2.12.1 root environment : /Users/josmh/anaconda (writable) default environment : /Users/...
pip install pysam 或者 conda install pysam Fasta files 对于Fasta 文件,可以实现随机访问,前提是要先创建 faidx 索引。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 import pysam # 构建FastaFile对象,随机访问需要先创建faidx,没有的话在这里会自动创建faidx fa = pysam.FastaFile("ex1.fa") # Fas...
If you are using the conda packaging manager (e.g. miniconda or anaconda), you can install pysam from the bioconda channel: conda config --add channels defaults conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda conda install pysam Installation through bioconda is the...
问无法执行'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'：没有这样的文件或目录(pysam安装)EN一个Linux目录...
http://pysam.readthedocs.org/en/stable pip install pysam pip install pysam==0.9.1 pip install https://github.com/pysam-developers/pysam/archive/master.zip conda install -c bioconda pysam REF https://pypi.org/project/pysam/ https://github.com/pysam-developers/pysam ...
Pysam 是一个python的模块,可用于处理bam文件 安装 conda install pysam#或者pip install pysam 使用 Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件; FastaFile:读取fasta序列文件; ...
Conda recipes for the bioconda channel. Shell1 Repositories pysamPublic Pysam is a Python package for reading, manipulating, and writing genomics data such as SAM/BAM/CRAM and VCF/BCF files. It's a lightweight wrapper of the HTSlib API, the same one that powers samtools, bcftools, and tabix...