fetch(contig=None,# 基因组区域染色体的编号 strstart=None,# 基因组区域的开始(包括从 0 开始) intstop=None,# 基因组区域的结束(从 0 开始除外) intregion=None,tid=None,until_eof=False,# 若为True,按原文件顺序输出)print(f1.fetch(contig='chr1',start=27056142,stop=27056261))# <pysam.libcalig...
另外,python是公认的性能不好,在生信领域做计算密集型软件开发,大概写C或者rust才是正途。 class pysam.AlignmentFile的属性与方法 check_index() #index检查,存在即true close() #关闭文件 count() #对区域内的reads数计数 count_coverage() #指定区域覆盖度计算 fetch() #获取指定区域的对齐(Alignment) find_in...
但顺序读取还不够灵活,我们有时需要随机读取(提示:sam不能随机读取),pysam的fetch方法提供了随机读取功能. 直接使用fetch会报错 samtools index corrected.bam fetch返回的是一个迭代器(iterator),可以迭代读取内容. fetch(self, reference=None, start=None, end=None, region=None, tid=None, until_eof=False, ...
f2 = pysam.VariantFile(outvcf,"wb",header = f1.header,threads = 2) for rec in f1.fetch(): if (len(rec.alleles[0]) == 1) and (len(rec.alleles[1]) == 1): f2.write(rec) else: pass f1.close() f2.close() 三、参数说明 pysam操作vcf文件有主要的四个类: pysam.VariantFile:...
但顺序读取还不够灵活,我们有时需要随机读取(提示:sam不能随机读取),pysam的fetch方法提供了随机读取功能. 直接使用fetch会报错 ValueError: fetch called on bamfile without index 提示我们需要建立(.bai)索引 samtools index corrected.bam fetch返回的是一个迭代器(iterator),可以迭代读取内容. ...
在这个示例中,我们首先使用pysam.AlignmentFile函数打开一个BAM文件,然后使用fetch方法遍历每个测序记录。对于每个测序记录,我们遍历其查询质量值列表,并将质量值出现的次数保存在quality_counts字典中。最后,我们提取质量值和计数,并使用matplotlib库绘制了一个饼状图来展示质量值的分布情况。
然后用fetch的方法读取行。fetch返回的是一个迭代器(iterator),可以迭代读取内容。 fetch的API如下: fetch(self, reference=None, start=None, end=None, region=None, tid=None, until_eof=False, multiple_iterators=False) for read in n1.fetch('chr6'): ...
chr2=fa.fetch("chr2")print("Random fetch chr2 sequence:\n%s"%chr2)#2.Python风格半开区间:提取chr2位置11-20之间的碱基 # 半开区间碱基位置编号从0开始,(10,20),其中包含位置10,不包含位置20front1=fa.fetch("chr2",10,20)print("Python style region(chr2, 10, 20): %s"%front1)#3.Samto...
对于有fai索引的fasta文件,还可以通过fetch函数来提取对应region的碱基,此时的读取方式如下 >>> import pysam >>> fasta = pysam.FastaFile('input.fasta') >>> fasta.references ['chr1', 'chr2', 'chr3', 'chr4', 'chr5'] >>> fasta.filename ...
在python中读取、处理文件可以用pysam这个包。以下简单介绍一下这个包的使用。 读取文件 代码语言:javascript 复制 importpysam samfile=pysam.AlignmentFile("ENCFF191HCE.sort.bam","rb") 仅读取某条染色体某个区域的reads: 代码语言:javascript 复制 # 这里bam文件必须先indexforreadinsamfile.fetch('chr1',904920...