copy() fetch(self, contig=None, start=None, stop=None, region=None, reopen=False, end=None, reference=None)这个函数可以得到每个变异位点 get_reference_name(self, tid) get_tid(self, reference) is_valid_tid(self, tid) new_record(self, *args, **kwargs) open(self, filename, mode=u'r'...
fetch(self, contig=None, start=None, stop=None, region=None, tid=None, until_eof=False, multiple_iterators=False, reference=None, end=None) 提取出比对到目标区域内的全部reads。返回的是一个迭代器,可以通过for循环或者next函数从中取出reads,我们使用next()函数取出第一条reads,reads是用 AlignedSegment...
结果显示: number of reference sequences:2names of reference sequences: chr1,chr2 lengths of reference sequences: 1575,1584 Random fetch chr2 sequence: TTCAAATGAACTTCTGTAATTGAAAAATTCATTTAAGAAATTACAAAATATAGTTGAAAG CTCTAACAATAGACTAAACCAAGCAGAAGAAAGAGGTTCAGAACTTGAAGACAAGTCTCT ... Python style...
fetch(self, contig=None, start=None, stop=None, region=None, tid=None, until_eof=False, multiple_iterators=False, reference=None, end=None) 提取比对到目标区域的全部reads,返回的是迭代器,可使用next、for循环访问。reads用的是AlignedSegment对象表示,以下主要说reads的AlignedSengment对象的内置方法 allre...
在这个示例中,我们首先使用pysam.AlignmentFile函数打开一个BAM文件,然后使用fetch方法遍历每个测序记录。对于每个测序记录,我们遍历其查询质量值列表,并将质量值出现的次数保存在quality_counts字典中。最后,我们提取质量值和计数,并使用matplotlib库绘制了一个饼状图来展示质量值的分布情况。
reference sequences: %d"%fa.nreferences)# Fasta文件中序列的名称,结果是一个列表print("names of reference sequences: "+",".join(fa.references))# Fasta文件中序列的长度,结果是一个列表print("lengths of reference sequences: "+",".join([str(i)foriinfa.lengths]))# 这里是关键,用fetch函数随机...
对于有fai索引的fasta文件,还可以通过fetch函数来提取对应region的碱基,此时的读取方式如下 >>> import pysam >>> fasta = pysam.FastaFile('input.fasta') >>> fasta.references ['chr1', 'chr2', 'chr3', 'chr4', 'chr5'] >>> fasta.filename ...
对于有tbi索引的vcf文件,还可以通过fetch函数来访问特定region的记录,用法如下 3. Tabix tabix支持对bed, gff, bam, vcf等多种文件建立索引,这里的Tabix的意思是专指对于bed, gff这两种纯文本格式的文件的处理,主要功能是使用fetch来提取对应region的记录,用法如下 ...
二. 函数详解 1.读写bam import pysam samfile = pysam.AlignmentFile(input_bam, "rb") #然后可以通过fetch方法来调取比对到某个区间对应的reads信息 for read in samfile.fetch('chr1', 100, 120): print read break samfile.close() 得到结果: ...
a = self.tabix.fetch(parser=pysam.asGTF()).next() b = copy.copy(a) self.assertEqual(a, b) 开发者ID:msto,项目名称:pysam,代码行数:8,代码来源:tabixproxies_test.py 示例8: __init__ ▲点赞 1▼ def__init__(self, file_path):file_path = str(file_path)ifnotfile_path.endswith('...