第1 步 - 打开 PyMOL 软件并加载对接的 PDB 结构 打开PyMOL并转到文件→打开并打开对接的 PDB 结构。我在 PyMOL 中打开我的docked structure- 正如我们所见,我有两个分子在这里对接,1IGR 和 1B9G,它们是对接在这里的我的受体和配体(蛋白质)。 您可以从我在本博客末尾提供的链接访问 1IGR 和 1B9G 的...
③ 两个蛋白分别命名为Receptor和Ligand,可以直接输入PDB ID,也可以加载本地的PDB数据文件。这里以1QQU(猪胰蛋白酶)的A链为receptor,1BA7(大豆胰蛋白酶抑制剂)的B链为ligand。如果不填写具体的链,默认以整个蛋白为单位进行对接。 ④点击Dock即可进行对接。 3.查看程序运行情况:点击“Dock”后网站会弹出正在运行的...
对接结果分析及PyMOL可视化教程(二)#蛋白互作 第二节 对接可视化 1、打开PyMOL软件,File-open-打开上面导出的pdbqt文件(图1) 2、选中大分子蛋白点击右下角S,然后点击Selecting后面的红色文字,使其显示为 - Ai蛋白互作科研助手于20240903发布在抖音,已经收获了23个
分子对接系列课程 9--1min教你绘制药物小分子结构式 01:48 分子对接系列课程 10-- pymol绘制论文中的放大氢键图 05:38 分子对接系列课程 11- pymol查看蛋白通道 01:36 分子对接系列课程 12- AI时代的生信发文之Alphafold 05:17 [发文新思路]分子对接分子动力学模拟 02:57 分子...
Pymol分子对接可视化基础课程如何在蛋白质数据库下载大分子PDB文件如何利用Pymol展示蛋白质不同结构和颜色如何保存并导出高分辨率分子对接可视化图片, 视频播放量 564、弹幕量 0、点赞数 5、投硬币枚数 2、收藏人数 19、转发人数 0, 视频作者 茶树在山上, 作者简介 分享科研
分子对接系列课程 2--pymol的蛋白配色 02:01 分子对接系列课程 3--autodock的安装 02:44 分子对接系列课程 4: pymol实现氨基酸定点突变 01:16 分子对接系列课程 5-- 2分钟教你pubchem寻找对接药物结构 02:10 分子对接系列课程 6——什么是分子对接 01:33 分子对接系列课程 7-- 教你一键可视化蛋白...
蛋白预测互作-分析对接-pymol绘图。1⃣代做用AlphaFold3对接一对蛋白,一个蛋白一个核酸,预测是否互作,是否是强互作,🉑分析核心位点,出核心figure图,精准度高,大于生物学验证。 2⃣代做用ESMFold高效预测蛋白质 - Ai蛋白互作科研助手于20241014发布在抖音,已
在 PyMOL 中进行分子对接并可视化时，如果小分子化合物和蛋白质之间没有显示氢键，可能是由以下几个原因...
氢原子缺失：如果分子结构中缺乏氢原子，PyMOL可能无法正确显示氢键。你可以使用PyMOL中的h_add命令来...
我用PDBePISA分析GRAMM生成的蛋白-蛋白对接结果，显示存在氢键作用，但当我在pymol里分析处理对接结果的...