第1 步 - 打开 PyMOL 软件并加载对接的 PDB 结构 打开PyMOL并转到文件→打开并打开对接的 PDB 结构。我在 PyMOL 中打开我的docked structure- 正如我们所见,我有两个分子在这里对接,1IGR 和 1B9G,它们是对接在这里的我的受体和配体(蛋白质)。 您可以从我在本博客末尾提供的链接访问 1IGR 和 1B9G 的...
对接结果分析及PyMOL可视化教程(二)#蛋白互作 第二节 对接可视化1、打开PyMOL软件,File-open-打开上面导出的pdbqt文件(图1)2、选中大分子蛋白点击右下角S,然后点击Selecting后面的红色文字,使其显示为Chains,然后点击中间界面中蛋白质任意位置,蛋白质表面出现较多红色点,然后点击右侧(sele)后面的A,选择rename selection。
合并受体和配体分子 打开Pymol,File-Open依次载入受体(pdb)、配体分子,点击Receptor-Action-remove waters去除受体中的水分子, File-Save Molecule…,同时选择受体和配体,保存为complex.pdb; File-Open载入刚刚的复合物complex.pdb, 基本可视化操作: clic右下角的S(display)显示残基的name,右下框点击左键,切换selectin...
今天我们展示的分析流程需要先用Pymol对蛋白结构进行预处理,然后用ZDOCK进行分子对接,再用Pymol将对接结果进行可视化。 图1 Pymol使用简介一、蛋白结构下载与预处理以已知的相互作用蛋白ENOA(P06733)与GAPDH(P04406)为例,先从PDB数据库(https://www.rcsb.org/)中下载他们的PDB结构,ID号分别为2psn与1u8f。因为...
Pymol分子对接可视化基础课程如何在蛋白质数据库下载大分子PDB文件如何利用Pymol展示蛋白质不同结构和颜色如何保存并导出高分辨率分子对接可视化图片, 视频播放量 559、弹幕量 0、点赞数 5、投硬币枚数 2、收藏人数 19、转发人数 0, 视频作者 茶树在山上, 作者简介 分享科研
在PyMOL中可视化分子对接时，如果没有看到小分子化合物和蛋白质之间的氢键，可能有以下几个原因：距离和...
1. 如何计算蛋白质构象的能量? a) 蛋白质可视化与编辑常用方法 i. pymol使用方法简介 ii. chimera使用方法简介 iii. pdb文件格式详解 iv. 使用python biopython、pymol等库编辑蛋白质结构 b) 分子力学、溶剂化能简介 i. 分子力学公式形式 ii. 溶剂化能的计算方法 ...
---以下就是vina来做对接--- 17:00-18:10:导入处理好的蛋白和配体,设置对接盒子,输出config.txt。 18:10-20:30:vina对接并分析结果,保存pdb文件。 ---以下就是autodock结果来可视化--- 20:30-31:30:显示氢键长度,显示氨基酸残基名称。