第1 步 - 打开 PyMOL 软件并加载对接的 PDB 结构 打开PyMOL并转到文件→打开并打开对接的 PDB 结构。我在 PyMOL 中打开我的docked structure- 正如我们所见,我有两个分子在这里对接,1IGR 和 1B9G,它们是对接在这里的我的受体和配体(蛋白质)。 您可以从我在本博客末尾提供的链接访问 1IGR 和 1B9G 的...
1、打开PyMOL软件,File-open-打开上面导出的pdbqt文件(图1) 2、选中大分子蛋白 点击右下角S,然后点击Selecting后面的红色文字,使其显示为Chains,然后点击中间界面中蛋白质任意位置,蛋白质表面出现较多红色点,然后点击右侧(sele)后面的A,选择rename selection。(图2) 3、将选中的蛋白名称修改为protein,或者在选中蛋白...
然后用pymol align命令 将预测的结构与有部分晶体结构的pdb 叠合在一起,然后删除晶体结构中不完整的蛋白部分,然后保存新的pdb文件,再找个pdb基础上align另一部分,同样去掉晶体结构中的部分,最终获得一个完成“对接”结构。这种方法比直接对接绝对准确多了,如果不知道如何操作,联系我 ...
本文主要是利用pymol官网上的interfaceresidues脚本进行自动选中界面。方法如下。 下载interfaceresidues脚本,导入到你安装的pymol处。由于我的pymol在C盘的python27内,如果你找不到,可以试试放这里。 1.png 打开pymol,导入脚本。Pymol--file--run 2.png 导入蛋白4RPP,并进行简单的美化图形 hide—everything show...
薛定谔 Mastro2022-4和autodock【分子对接】软件安装教程 349 -- 21:25 App OpenBabel3.1.1分子对接软件安装教程 929 1 12:36 App Cytoscape3.9.1安装教程 654 -- 14:42 App primer5 安装教程 454 -- 27:29 App Fiji image J 1.8.0安装教程和问题解答 80 -- 43:25 App CytExpert2.5【中文版】...
Pymol分子对接可视化基础课程如何在蛋白质数据库下载大分子PDB文件如何利用Pymol展示蛋白质不同结构和颜色如何保存并导出高分辨率分子对接可视化图片, 视频播放量 435、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 0、收藏人数 17、转发人数 0, 视频作者 茶树在山上, 作者简介 分享科研
我们对于生成蛋白质和小分子的2D相互作用图片可以通过使用分子对接软件和可视化工具来完成。首先获取蛋白质和小分子的结构数据,分子对接,结果分析和可视化。以下是一些可视化工具的示例:PyMOL:PyMOL是一种常用的分子可视化软件,可以加载蛋白质和小分子的结构数据,并生
我用PDBePISA分析GRAMM生成的蛋白-蛋白对接结果，显示存在氢键作用，但当我在pymol里分析处理对接结果的...
在 PyMOL 中进行分子对接并可视化时，如果小分子化合物和蛋白质之间没有显示氢键，可能是由以下几个原因...
老板让用软件预测两种蛋白质能否结合。我不会做,请各位大神帮帮忙,谢谢!邀请讨论切换到完整评论 评论shouzhu 2021-04-28 15:08:24 我也想学习。哪位大神有教程。 赞(0) 踩(0) 回复 共1 条 1 科研狗(小组) 小组最新话题有些人真无聊 首席躺平官 06-22 文献求助 zlmhdjc 05-14 文献求助 粉笔03-...