③ 两个蛋白分别命名为Receptor和Ligand,可以直接输入PDB ID,也可以加载本地的PDB数据文件。这里以1QQU(猪胰蛋白酶)的A链为receptor,1BA7(大豆胰蛋白酶抑制剂)的B链为ligand。如果不填写具体的链,默认以整个蛋白为单位进行对接。 ④点击Dock即可进行对接。 3.查看程序运行情况:点击“Dock”后网站会弹出正在运行的...
第1 步 - 打开 PyMOL 软件并加载对接的 PDB 结构 打开PyMOL并转到文件→打开并打开对接的 PDB 结构。我在 PyMOL 中打开我的docked structure- 正如我们所见,我有两个分子在这里对接,1IGR 和 1B9G,它们是对接在这里的我的受体和配体(蛋白质)。 您可以从我在本博客末尾提供的链接访问 1IGR 和 1B9G 的...
1、打开PyMOL软件,File-open-打开上面导出的pdbqt文件(图1) 2、选中大分子蛋白 点击右下角S,然后点击Selecting后面的红色文字,使其显示为Chains,然后点击中间界面中蛋白质任意位置,蛋白质表面出现较多红色点,然后点击右侧(sele)后面的A,选择rename selection。(图2) 3、将选中的蛋白名称修改为protein,或者在选中蛋白...
本文主要是利用pymol官网上的interfaceresidues脚本进行自动选中界面。方法如下。 下载interfaceresidues脚本,导入到你安装的pymol处。由于我的pymol在C盘的python27内,如果你找不到,可以试试放这里。 1.png 打开pymol,导入脚本。Pymol--file--run 2.png 导入蛋白4RPP,并进行简单的美化图形 hide—everything show...
蛋白预测互作-分析对接-pymol绘图。1⃣代做用AlphaFold3对接一对蛋白,一个蛋白一个核酸,预测是否互作,是否是强互作,🉑分析核心位点,出核心figure图,精准度高,大于生物学验证。 2⃣代做用ESMFold高效预测蛋白质 - Ai蛋白互作科研助手于20241014发布在抖音,已
Pymol分子对接可视化基础课程如何在蛋白质数据库下载大分子PDB文件如何利用Pymol展示蛋白质不同结构和颜色如何保存并导出高分辨率分子对接可视化图片, 视频播放量 706、弹幕量 0、点赞数 7、投硬币枚数 2、收藏人数 27、转发人数 0, 视频作者 茶树在山上, 作者简介 分享科研
分子对接pymol安装教程,24年12月,网络药理学,生物制药,蛋白分析,大家一起来装库(4), 视频播放量 565、弹幕量 0、点赞数 10、投硬币枚数 2、收藏人数 21、转发人数 4, 视频作者 哥尔D平平, 作者简介 我要改名叫宝宝海绵,从此过着幸福的生活,相关视频:分子对接pymol
我用PDBePISA分析GRAMM生成的蛋白-蛋白对接结果，显示存在氢键作用，但当我在pymol里分析处理对接结果的...
进行画图？谢谢！我对接的 是1ysw蛋白，不知为什么pymol打不开优化后的蛋白，显示bad substructure id...
老板让用软件预测两种蛋白质能否结合。我不会做,请各位大神帮帮忙,谢谢!邀请讨论切换到完整评论 评论shouzhu 2021-04-28 15:08:24 我也想学习。哪位大神有教程。 赞(0) 踩(0) 回复 共1 条 1 科研狗(小组) 小组最新话题有些人真无聊 首席躺平官 06-22 文献求助 zlmhdjc 05-14 文献求助 粉笔03-...