第1 步 - 打开 PyMOL 软件并加载对接的 PDB 结构 打开PyMOL并转到文件→打开并打开对接的 PDB 结构。我在 PyMOL 中打开我的docked structure- 正如我们所见,我有两个分子在这里对接,1IGR 和 1B9G,它们是对接在这里的我的受体和配体(蛋白质)。 您可以从我在本博客末尾提供的链接访问 1IGR 和 1B9G 的...
Pymol分子对接可视化基础课程如何在蛋白质数据库下载大分子PDB文件如何利用Pymol展示蛋白质不同结构和颜色如何保存并导出高分辨率分子对接可视化图片, 视频播放量 564、弹幕量 0、点赞数 5、投硬币枚数 2、收藏人数 19、转发人数 0, 视频作者 茶树在山上, 作者简介 分享科研
1. 氢键参数设置不当：在 PyMOL 中，需要设置合适的参数来显示氢键。例如，使用命令 show hbonds ...
氢原子缺失：如果分子结构中缺乏氢原子，PyMOL可能无法正确显示氢键。你可以使用PyMOL中的h_add命令来添...
1. 如何计算蛋白质构象的能量? a) 蛋白质可视化与编辑常用方法 i. pymol使用方法简介 ii. chimera使用方法简介 iii. pdb文件格式详解 iv. 使用python biopython、pymol等库编辑蛋白质结构 b) 分子力学、溶剂化能简介 i. 分子力学公式形式 ii. 溶剂化能的计算方法 ...