点击bond_residues 层的 S(Show)选项,然后点击 sticks,便会显示之前选择的 residue 的键; 点击该图层的 L(Label)选项,再点击 residues (oneletter),以一个字母形式标记选中的 residues。 点击右上角的 Draw/Ray 选项,设置合适的尺寸拍摄图像并将其保存到计算机就大功告成啦! 参考资料 Png - PyMOLWiki 基础教...
分两步,首先找到相互作用界面,其次选中疏水氨基酸并展示侧链。 1、InterfaceResidues - PyMOLWiki,去这个网址下载脚本,InterfaceResidues.py。 先运行脚本,操作如下 File → Run → InterfaceResidues.py 随后输入命令行,例如下图 interfaceResidue 5un6_B12, chain A, chain E 原理:通过某氨基酸(在一条链中的表...
resi i. Residue-identifier-list至多4位数的残基号PyMOL>select boy,resi 1+10+100+1000Residue-identifier-rangePyMOL>select boy,resi 1-10 alt alt Alternate-conformation-identifier-list单字母PyMOL>select altconf,alt a+’‘ chain c. Chain-identifier-list单字母或有时是数字PyMOL>select 007,chain a...
分两步,首先找到相互作用界面,其次选中疏水氨基酸并展示侧链。 1、InterfaceResidues - PyMOLWiki,去这个网址下载脚本,InterfaceResidues.py。 先运行脚本,操作如下 File → Run → InterfaceResidues.py 随后输入命令行,例如下图 interfaceResidue 5un6_B12, chain A, chain E 原理:通过某氨基酸(在一条链中的表...
Color the active site residue PyMOL> select active, (resi 14-20,38 and chain A) PyMOL> color yellow, active PyMOL> turn y, -60; turn x, -20 PyMOL> zoom active Locate and display the bound formate ion in the active site.
比如选择7cel中的一个催化残基212位的谷氨酸GLU,命令如下select geng,resi 212Select是选择命令,后面紧跟一个名字geng,就是给所选择的残基起个名字, 这个随便起,然后resi 212是指残基号为212 15、的残基,resi是residue id的缩写。输入命令并回车后,结构上会显示出一些粉红色的点,7cel框下面会出现一 个geng框。
PyMOL>selectaas,resn asp+glu+asn+gln 或至多2字母核苷酸符号 PyMOL>selectbases,resn a+g resi i. identifierlist 至多4位数的号 PyMOL>selectboy,resi 1+10+100+1000 Residue-identifierrange PyMOL>selectboy,resi 1-10 alt alt -identifier-list 单字母 Py>selectaltconf,alt a...
比如选择7cel中的一个催化残基212位的谷氨酸GLU,命令如下select geng,resi 212Select是选择命令,后面紧跟一个名字geng,就是给所选择的残基起个名字,这个随便起,然后resi 212是指残基号为212的残基,res 10、i是residue id的缩写。输入命令并回车后,结构上会显示出一些粉红色的点,7cel框下面会出现一个geng框。
是的这东西叫属性选择符列表如下属性选择符缩略形式标识符和举例symbolchemicalsymbollist单字母或双字母的化学元素符号pymolselectpolarsymbolatomnamelist蛋白和核酸中至多4字母的原子符号pymolselectcarbonsnamecacbcgresnresiduenamelistpymol使用入门字母的氨基酸符号pymolselectaasresnaspgluasngln或至多2字母的核苷酸符号py...
ü如果你有疑问或者想深入研究,可通过输入命令help,查看《PyMOL命令》,登陆PyMOLwiki(http://PyMOLwiki.org)或咨询他人等途径解决疑难 ü本教程极少的命令可能在你的PyMOL上运行不了,大多是版本问题 ü译者知识水平有限,可能有不当甚至谬误之处,敬请指正!