点击bond_residues 层的 S(Show)选项,然后点击 sticks,便会显示之前选择的 residue 的键; 点击该图层的 L(Label)选项,再点击 residues (oneletter),以一个字母形式标记选中的 residues。 点击右上角的 Draw/Ray 选项,设置合适的尺寸拍摄图像并将其保存到计算机就大功告成啦! 参考资料 Png - PyMOLWiki 基础教...
resi i. Residue-identifier-list至多4位数的残基号PyMOL>select boy,resi 1+10+100+1000Residue-identifier-rangePyMOL>select boy,resi 1-10 alt alt Alternate-conformation-identifier-list单字母PyMOL>select altconf,alt a+’‘ chain c. Chain-identifier-list单字母或有时是数字PyMOL>select 007,chain a...
在你认为的residue pair中，比如Arg 和 Asp, 对Arg的侧链氨基和Asp的侧链羧基采用ball stick显示，然后...
分两步,首先找到相互作用界面,其次选中疏水氨基酸并展示侧链。 1、InterfaceResidues - PyMOLWiki,去这个网址下载脚本,InterfaceResidues.py。 先运行脚本,操作如下 File → Run → InterfaceResidues.py 随后输入命令行,例如下图 interfaceResidue 5un6_B12, chain A, chain E 原理:通过某氨基酸(在一条链中的表...
PyMOL>select polar,symbol o+n name n. Atom-name-list 蛋白和核酸中至多4字母的原子符号 PyMOL>select carbons,name ca+cb+cg resn r. Residue-name-list 3字母的氨基酸符号 PyMOL>select aas,resn asp+glu+asn+gln 或至多2字母的核苷酸符号 PyMOL>select bases,resn a+g resi i. Residue-identifier...
比如选择7cel中的一个催化残基212位的谷氨酸GLU,命令如下select geng,resi 212Select是选择命令,后面紧跟一个名字geng,就是给所选择的残基起个名字, 这个随便起,然后resi 212是指残基号为212 15、的残基,resi是residue id的缩写。输入命令并回车后,结构上会显示出一些粉红色的点,7cel框下面会出现一 个geng框。
用pymol来做,pdb没有氢的需要加氢,选肽段,find-polar contacts-to others excluding solvent,all-show lines,手工选取形成氢键的残基,显示为sticks,关闭lines,标记by residue,记录残基号。在pml文件里输入残基号,用命令显示选择内的氢键。 The "polar contacts" mentioned above are probably better at finding hydro...
https://pymolwiki.org/index.php/RmsdByResidue 第一个问题我装不上,我看了一下是不是因为他是根据python2 写的? 第二个 我有的同学装上了,但是也不会用。 我打开发现这个脚本是我师兄Zhenting Gao写的,可能使用频率不是很高,没有维护下去。里面的细节处理值得学习一下。 第一个问题主要有2个问题: ...
Color the active site residue PyMOL> select active, (resi 14-20,38 and chain A) PyMOL> color yellow, active PyMOL> turn y, -60; turn x, -20 PyMOL> zoom active Locate and display the bound formate ion in the active site.
ü如果你有疑问或者想深入研究,可通过输入命令help,查看《PyMOL命令》,登陆PyMOLwiki(http://PyMOLwiki.org)或咨询他人等途径解决疑难 ü本教程极少的命令可能在你的PyMOL上运行不了,大多是版本问题 ü译者知识水平有限,可能有不当甚至谬误之处,敬请指正!