在PyMOL中如果需要移动某一对象,可点击“A -> drag coordinates”,然后“shift+鼠标中键”移动即可。 在PyMOL中,还有多种结构叠合的方法,可通过“cealign”、“align”、“super”、“pairfit”、“fit”等命令实现。 如当蛋白序列相似性低,而结构相似性高的话,可通过“super”命令来进行结构叠合,如蛋白1OKY...
super obj03 & resi 2-191 & chain K, obj04 & resi 2-191 & chain C 注:在PyMOL中,还有多种结构叠合的方法,可通过“cealign”、“align”、“super”、“pairfit”、“fit”等命令实现。常用的就是align和super 设置二级结构的颜色 PyMOL中内置了3种二级结构着色策略。 helix sheet loop red yellow ...
Align proteins with CA fit If the proteins have significant homology, then you can use the align command: align prot1ca,prot2 which will perform a sequence alignment of prot1 against prot2, and then an optimizing fit using the CA positions. I’m not sure if the help text for align got...
Pymol简介及相关操作-abc
Pymol简介及相关操作-abc
基于原子对 ->Wizard->PairFitting7 光线追踪能制作出最高质量的分子图像。 PyMOL是第一个拥有高速光线追踪器的全功能 分子图像程序。8 利用泊松波尔兹曼方程计算水溶液状态下的静电力学。 ->Actions->generate->vaccumelectrostatics9 读取.pdb文件时,矩阵信息就被输出。 “symexp‖命令: ...
2002/09/26 RE: [PyMOL] pair_fit crashes DeLano, Warren 2002/09/26 Re: [PyMOL] pair_fit crashes Robert Campbell 2002/09/26 [PyMOL] pair_fit crashes Jeremy Craven 2002/09/25 RE: [PyMOL] Question about crystallographic symmetry Frank Vondelft 2002/09/25 [PyMOL] Question about ...
问PyMOL中2个小分子的比对ENDocking非原生配体 在前面的例子中，AutoDock Vina能把配体构象调整到几乎...
PyMOL概述及实例简析
2004/07/13 [PyMOL] Align/pair_fit question Luke Rice 2004/07/13 RE: [PyMOL] polar surface area with pymol Warren DeLano 2004/07/13 [PyMOL] RE: sequences view Warren DeLano 2004/07/13 [PyMOL] polar surface area with pymol Ramesh Sistla 2004/07/12 [PyMOL] Never mind Tony...