intra_fit top3 & (polymer.protein or resn ACE+NME) & not elem H #对齐时指定mask 一、Snapshot(用不同颜色显示蛋白不同二级结构,用不同颜色显示不同小分子,显示连键) >load name.pdb,name #>fetch object #>disable object-name #>enable object-name #>delete selection-name #>show representation...
对于动态轨迹分析,建议采用“intra_fit”命令进行结构叠合,消除分子运动伪影对氢键网络稳定性的误判。 实际应用场景中,药物设计常关注水分子介导的配体-受体相互作用。打开复合物结构后,执行“remove solvent”去除游离水分子,保留结合口袋内的结构水。运用“polar contacts”功能模块,可同步显示配体与水分子、水分子与...
在重新粘合、平滑和intra_fit中支持的周期性边界条件 6、接口更改 删除了对 Python 2 的支持 添加了 PBC 参数以重新绑定、平滑和intra_fit png(无) 返回字节 scene_order() 允许“名称”列表 添加了pbc_wrap()和pbc_unwrap matrix_reset() 支持所有状态的“state=0” editing_ring() 已添加 取消设置现在恢复...
5、中国人民银行处理 在重新粘合、平滑和intra_fit中支持的周期性边界条件 6、接口更改 删除了对 Python 2 的支持 添加了 PBC 参数以重新绑定、平滑和intra_fit png(无) 返回字节 scene_order() 允许“名称”列表 添加了pbc_wrap() 和pbc_unwrap matrix_reset() 支持所有状态的“state=0” editing_ring() ...
Opensource molecular visualization system. Fork of http://sourceforge.net/projects/pymol/ We provide pymol windows installer for python2.7, for both pymol 1.5 and pymol 1.6 - pymol/pymol/ChangeLog at master · evonove/pymol
fit, rms, intra_fit, intra_rms, intra_rms_cur, pair_fit Unfortunately it leaves out the bit included in: PyMOL>help fit DESCRIPTION "fit" superimposes the model in the first selection on to the model in the second selection. Only matching atoms in both selections ...
拟合全部结构intra_fit selection, 1 计算rms intra_rms selection, state 计算全部结构的rms,但不拟合intra_rms_cur selection, state 16 修改结构 添加一个键bond atom1, atom2 删除一个键unbond atom1, atom2 将两个分子连接起来fuse [atom1, atom2] ...
拟合全部结构intra_fit selection, 1 计算rms intra_rms selection, state 计算全部结构的rms,但不拟合intra_rms_cur selection, state 16 修改结构 添加一个键bond atom1, atom2 删除一个键unbond atom1, atom2 将两个分子连接起来fuse [atom1, atom2] ...