8. cmd.delete() 9. cmd.get_chains() 10. cmd.select() 11. cmd.identify() 12. cmd.alter() 13. cmd.iterate() 14. cmd.extend() 写在前面:后面会根据学习情况不断更新文章~~ Pymol是操作像蛋白,RNA之类的大分子专业软件,可以用于制作精美的图片以及对分子进行操作。但是图形化界面适用于小批量的...
默认安装Anaconda。 将安装路径添加到环境变量(具体路径根据实际安装位置调整)。 按下Win+R键,输入“cmd”并回车,键入“python”,出现提示则表示Python安装成功。 按下Win+R键,输入“cmd”并回车,键入“conda install -c conda-forge -c schrodinger pymol-bundle”,安装Pymol。 按下Win+R键,输入“pymol”并回...
不然你后面去加到环境里面还是挺麻烦的 安装完之后直接win+r,然后输入cmd,在命令行界面输入python,查看安装情况 出现如下版本信息说明安装成功 2.pymol下载有两种方法,第一种的用python,比较麻烦,不推荐 第二种是去pymol官网直接下载 PyMOL | pymol.orgpymol.org/2/ 下载完直接安装就行了,没有其他的注意...
需在CMD下运行指令:pip3 install PyQt5 运行成功后再重启pymol,界面即为Pymol2界面。
Pymol开源安装方法如下：确保Python环境：确保你的Python环境为3.11.2版本。打开管理员命令提示符：使用Win+R快捷键打开运行窗口，输入cmd，然后按回车，并确保以管理员权限运行命令提示符。进入安装包目录：使用cd命令进入到你下载Pymol安装包所在的目录，例如：cd "path_to_your_downloads"。安装依赖和...
import pymolfrom pymol import cmd##导入相应的包pymol.finish_launching()##打开Pymol软件cmd.load("protein.pdb")##加载蛋白质结构文件cmd.load("ligand.pdb","ligand")##配体结构加载到Pymol中cmd.select("ligand_selection","ligand")##将Pymol的选择焦点设置为配体。cmd.load("reference.pdb","referen...
print (cmd.centerofmass(f'mol_input')) 平移分子可以输入一个数组,对选定的分子平移指定的长度;translate [20, 20, 20], mol_input 批量计算脚本pymol支持一个py脚本文件的输入,例如我们可以用脚本来批量计算多个分子的质心:import pymol from pymol import cmd def main(): pymol.finish_launching() ...
在Windows上,你可以使用Anaconda Prompt或命令提示符(CMD)。 在macOS或Linux上,打开终端(Terminal)。 创建并激活conda环境(可选但推荐): 为了避免潜在的依赖冲突,建议创建一个新的conda环境。 输入以下命令创建并激活环境(这里以pymol_env为环境名,Python版本为3.8为例): bash conda create -n pymol_env python...
PyMol开源版的安装方法如下：安装Anaconda：首先，从PyMol官网或Anaconda的官方网站下载并安装Anaconda。安装过程通常快速且直观，按照提示完成即可。访问condaforge仓库并安装PyMol：安装完Anaconda后，打开CMD终端或相应的终端。访问condaforge仓库网站，查找PyMol的安装命令。在终端中输入该命令并回车，等待conda...
将下载好的三个文件放在一个英文路径的文件夹中,例如C:\pymol,然后进入cmd界面(小窗户+R,输入cmd回车),分别输入以下三条命令(复制,并在命令行界面点击右键): AI检测代码解析 C:\Python27\python.exe -m pip install C:/pymol/numpy-1.16.6+mkl-cp27-cp27m-win_amd64.whl ...