2.安装完毕我给的Python3.9及配套的PyMOL安装文件后,运行pip install PyQt5报错怎么办? 1)PyQt5无法安装 2)“pip”不是内部或外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件 3)以上两种情况都不是,还是无法安装PyQt5 3.The ConSurf Server网站登录不上怎么办? 4.其他问题(持续更新) 自从去年第一次更新《PyMOL小...
类似的,如果进行全局能量最小化,用法为: conf_search [selection string [, forcefield string [, method string [, nsteps int [, conformers int [, lowest_confor int]]] 需要注意的是,要使用“optimize.py”,需要已安装了OpenBabel并且设置了Python绑定。除了“optimize.py”外,PyMOL也有其它的插件或脚本...
15、显示氢键长度，点击ligand_polar_con-S-labels 16、显示氨基酸残基名字，Bindingsite-L-residues 17、调整标签大小，Setting-Label-Size-Point为绝对大小，无论图片放大还是缩小，字的大小不变，下面的Angstrom为相对大小,我一般选择1 Angstrom 18、移动标签位置，右下角Mouse Mode 改为3-Button Editing，然后按住...
name ca+cb+cgresnr.Residue-name-list3字母的氨基酸符号PyMOLselect aas,resn asp+glu+asn+gln或至多2字母的核苷酸符号PyMOLselect bases,resn a+gresii.Residue-identifier-list至多4位数的残基号PyMOLselect boy,resi 1+10+100+1000Residue-identifier-rangePyMOLselect boy,resi 1-10altaltAlternate-con...
为了使用The ConSurf Server，我们首先需要访问其网站。确保使用的是可以访问的网址。在这个网站上，我们首先选择分析对象为“氨基酸”，然后输入目标蛋白质的PDB ID或上传预测的PDB格式文件。如果有预设的多重序列比对结果，可以上传，否则系统将自动进行序列比对。完成所有步骤后，系统将生成包含蛋白质功能...
中的原子名字Pymol> select carbons, name ca+cb+cg+cdresnr.residue-name-list氨基酸的名字Pymol> select aas, resn asp+glu+asn+glnresii.residue-identifier-listpdb文件中基团的编号Pymol> select mults10, resi 1+10+100residue-identifier-rangePymol> select nterm, resi 1-10altaltalternate-con...
14、获取对接细节图,Setting-Transparency-Cartoon-60%(卡通类型透明度60%)15、显示氢键长度,点击ligand_polar_con-S-labels16、显示氨基酸残基名字,Bindingsite-L-residues17、调整标签大小,Setting-Label-Size-Point为绝对大小,无论图片放大还是缩小,字的大小不变,下面的Angstrom为相对大小,我一般选择1 An...
2、 .在后面的color调整颜色,这里ligand选byelement2j50 选 whitegrayscyans、.oranges tintswhite gray90 grayso gray70 gray60grays|1find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了2j502action;lig-2_pozoomorientcenterorigindrag matrix reset matrixdrag coordinates cleanpolar contacts;find;withi...
下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了10.然后再找氢键作用的残基,可以在上面直接点选,但最好找出氨基酸代码来选取(因为这里面点不准)Rename它们,以便以后好找,这里rename为res,show它们为line,color为byelement11.再选display,将background改成white12.然后...
9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了 10.然后再找氢键作用的残基,可以在上面直接点选,但最好找出氨基酸代码来选取(因为这里面点不准) Rename它们,以便以后好找,这里rename为res,show它们为line,color为by element ...