In addition to being lightweight and fast, PyMOL creates images of peerless visualization quality, while offering the flexibility of Python-based development and scalability. Bring your biochemistry to life Produce publication quality images Show important interactions, helpful representations, and key labe...
第四部分 Action->generate 操作 显示蛋白的静电势图 Action->generate->vacuum_electrostatics->protein contact potential 就可以了。 查看小分子和蛋白的氢键作用由于4hbk 蛋白中没有小分子,这里我以 PDB id: 为例演示。点击 A->preset->ligand sites 效果如图所示,其中黄色的虚线就是氢键。对标注的氢键,查看距...
一旦你隐藏了键,这就是它的样子。 现在点击(Contact_bond_residues) 层的 S(Show)选项,然后点击sticks。这会显示您选择的residue的键。现在您可以通过单击白色屏幕上的任意位置来取消选择 (Contact_bond_residues) 层,这就是您所得到的。 我们拥有所有形成接触键的residue以及它们之间的键本身! 让我们继续第 4 ...
@文心快码pymol find polar contact 没有结果 文心快码 在使用PyMOL的find polar contacts功能时,如果没有得到预期的结果,可能是由多种原因造成的。下面是一些可能的原因及其解决方案,你可以逐一检查: 确认PyMOL版本和安装情况: 确保你使用的PyMOL版本是最新的,或者至少是支持你当前操作的版本。旧版本的PyMOL可能...
表面静电势是指在分子周围某个曲面上静电势的分布,我们在文献中会经常看到分子表面静电势图,不同表面区域静电势大小通过不同颜色展现,使分子表面上静电势的分布一目了然。在PyMOL中可简单的绘制静电势图,点击“A -> generate -> vacuum_electrostatics -> protein contact potential”即可。
如下图通过点击对应蛋白对象的A->generate->vacuum electrostatics->protein contact potential(local)可以展示蛋白静电力学的视图。 (7)A功能 A->rename object对每个对象进行改名; A->delete object可以删除某个对象 A->copy to object,可以组合不同的对象到同一个元素中 ...
显示蛋白的静电势图 Action->generate->vacuum_electrostatics->protein contact potential 就可以了 查看小分子和蛋白的氢键作用¶ 由于4hbk 蛋白中没有小分子,这里我以 PDB id: 为例演示。 点击 A->preset->ligand sites 效果如图所示,其中黄色的虚线就是氢键。
显示蛋白的静电势图 Action->generate->vacuum_electrostatics->protein contact potential 就可以了 对象的Label操作 添加label 调整配体的位置 pymol中包含配体和蛋白,如何调整配体和蛋白的相对位置。 命令相关 2025.3.28: select aaa, resi 1 select around_5, sel1 within 5 of obj01 #选中resi 1 周围5埃的...
“remove chain C”“remove chain D” 第三步:配置并调用interfaceResidues“interfaceResidues 4JAV” 第四步:展示界面残基“show sticks, interface” 你还可以通过action中的find polar contact找到蛋白-蛋白之间的相互作用力。 通过这些步骤,你可以轻松找到蛋白-蛋白界面上的残基,并进行进一步的分析和展示。0 0...
绘制Contact map 2.插件安装及配置 安装方法(选择分享文件中名为pymod3.zip的文件) 配置方法。由于该插件仅是提供交互接口的作用,所以其中序列搜索、比对、同源建模等都是依赖第三方程序,这些程序我也一并分享了出来(一个名为windows_pymod_3.0_installer_bundle的文件夹)。按照下面步骤配置好路径: 首先在pymo...