@文心快码pymol find polar contact 没有结果 文心快码 在使用PyMOL的find polar contacts功能时,如果没有得到预期的结果,可能是由多种原因造成的。下面是一些可能的原因及其解决方案,你可以逐一检查: 确认PyMOL版本和安装情况: 确保你使用的PyMOL版本是最新的,或者至少是支持你当前操作的版本。旧版本的PyMOL可能...
现在点击 (Contact_bond_residues) 层的 S(Show)选项,然后点击 sticks。这会显示您选择的residue的键。现在您可以通过单击白色屏幕上的任意位置来取消选择 (Contact_bond_residues) 层,这就是您所得到的。 我们拥有所有形成接触键的residue以及它们之间的键本身! 让我们继续第 4 步,学习如何标记接触residue和键. ...
4)点击A-find-polar contacts-between chains(多种选项皆可)展示两个蛋白间的极性相互作用 5)主要是氢键。氢键上的数字为键两端原子间的距离(单位Å),点击H-labels可隐藏数字(方便观察),点击S-labels重新展示 2.2 展示相互作用氨基酸残基 先隐藏一侧分子A,然后S-as-sticks另一侧分子B,选择 residues功能,选择形成...
接着我们取消展示右侧的rov_pc对象,自己画出这些氨基酸之间的氢键。 首先点击图中想要找出氢键作用力的氨基酸,然后在右侧出现的(sele)对象中依次选择A->find->polar contacts->with selection即可,其中polar contacts代表极性作用力,within selection表示展示选择的氨基酸互相之间的作用力。这样我们就自己画出了一些氢键。 ...
鼠标选中配体,出现“sele” object,然后点击action->find polar contacts->to other atom in object. 注解 to other atom in object: 受体和配体之间的相互作用 to any atom: 同时考虑受体和配体之间的作用,以及配体内的极性作用。 蛋白对象的Hide操作¶ ...
“remove chain C”“remove chain D” 第三步:配置并调用interfaceResidues“interfaceResidues 4JAV” 第四步:展示界面残基“show sticks, interface” 你还可以通过action中的find polar contact找到蛋白-蛋白之间的相互作用力。 通过这些步骤,你可以轻松找到蛋白-蛋白界面上的残基,并进行进一步的分析和展示。0 0...
A-find-polar contact to any atoms）；第二种是选择其中一个蛋白质（A-find-polar contact to ...
pymol to find "polar contacts". I'm wondering what is the definition of a "polar contact"...
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目前使用的氢键做法:用pymol来做,pdb没有氢的需要加氢,选肽段,find-polar contacts- to others excluding solvent,all-show lines,手工选取形成氢键的残基,显示为sticks,关闭lines,标记by residue,记录残基号。在pml文件里输入残基号,用命令显示选择内的氢键。 The polar contacts mentioned above are probably ...