一般将较大的蛋白作为受体,提交为Protein1。收到的结果链接,下载Top10 predictions,解压获得10个相互作用的PDB结构文件。Output文件为打分结果,分数越高越好。 2.PyMOL可视化 教程网址:http://pymol.chenzhaoqiang.com/intro/basicManual.html 初次接触建议B站先看入门教程视频 2.1 分析对接结构中蛋白间相互作用 1)...
今天我们展示的分析流程需要先用Pymol对蛋白结构进行预处理,然后用ZDOCK进行分子对接,再用Pymol将对接结果进行可视化。 图1 Pymol使用简介一、蛋白结构下载与预处理以已知的相互作用蛋白ENOA(P06733)与GAPDH(P04406)为例,先从PDB数据库(https://www.rcsb.org/)中下载他们的PDB结构,ID号分别为2psn与1u8f。因为...
【分析氢键相互作用】 07:43 【分析非极性相互作用】 只能通过测量距离判断是否属于非极性相互作用的范围 09:28 【放假原子】 测量好之后点击完成!!! 不然会一直处在测量模式 【Π-Π interaction也是在两个苯环中心放两个假原子测量两个苯环之间的距离,判断是否有Π-Π 相互作用】 Π-Π interaction的距离限制是...
3、基于PDBePISA的蛋白相互作用面分析 通过分子对接获得蛋白复合体结构之后,可以通过Pymol、ChimeraX、Maestro等工具对蛋白复合体三维结构进行可视化。但如果主要目的是分析互作蛋白相互作用的结构域和作用面,使用PDBePISA是一种更简单直接的方法。 1) 上传上一步获得的任一互作PDB结构文件,提交分析任务。 2) 相互作用...
通过分子对接获得蛋白复合体结构之后,可以通过Pymol、ChimeraX、Maestro等工具对蛋白复合体三维结构进行可视化。但如果主要目的是分析互作蛋白相互作用的结构域和作用面,使用PDBePISA是一种更简单直接的方法。 1) 上传上一步获得的任一互作PDB结构文件,提交分析任务。
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Pymol - 分析蛋白-蛋白相互作用界面 7.5万 39 2020-12-25 01:13:08 未经作者授权,禁止转载 1367 899 3495 750 知识分享官 知识 野生技能协会 生物 视频教程 教程 野生技术协会 Pymol 经验分享 生物化学 科研 生物信息 钰沐菡-YuMuhan发消息 药物研发,CADD,AIDD,全网同名 ...
【分析氢键相互作用】 07:43 【分析非极性相互作用】 只能通过测量距离判断是否属于非极性相互作用的范围 09:28 【放假原子】 测量好之后点击完成!!! 不然会一直处在测量模式 【Π-Π interaction也是在两个苯环中心放两个假原子测量两个苯环之间的距离,判断是否有Π-Π 相互作用】 ...
利用Pymol绘制分子对接立体结构图 苦瓜师兄 包教会!Pymol查看AlphaFold3蛋白互作结合位点!超详细步骤! AlphaFold蛋白解析 03:16 AlphaFold3预测蛋白相互作用3分钟就学会,速成蛋白互作预测模拟查看 林一二Official 31:01 用pymol分析对接结果 -楚子航同学 64911 ...
现成的蛋白-蛋白界面分析的python命令文档确实有,不知道核酸-蛋白有没有 03:10 【运行Python代码】【在命令框输入命令分析】 06:46...