建库测序的流程如下所示: Total RNA 样本检测 RNA 富集 双链cDNA合成 末端修复、加A和接头 片段选择和 PCR 扩增 文库质检 Illumina测序 分析流程 RNA-seq的核心是基因表达差异的显著性分析,使用统计学方法,比较两个条件或多个条件下的基因表达差异,从中找出与条件相关的特异性基因,然后进一步分析这些特异性...
全长转录组(Iso-Seq)是指利用三代单分子实时测序技术(SMRT),无需对RNA进行打断和拼接,即可直接获得完整的全长转录本。由于该方法可以获得全长转录本,因此与二代短序列测序技术的RNA-seq对比,侧重于转录本结构的分析,能够准确识别转录本同源异构体(isoform)、可变剪切、可变polyA、融合基因、等位基因等,因此在转录本...
话说这个TAIL-seq起初就是为了研究mRNA后面的polyA有多长以及有什么分布特点而建立的,具体原理就是将总RNA在3' 连接上生物所标记的adapter,之后做逆转录等一系列建库流程,随后测序分析polyA信息的技术(图1)。 图1来源:sciencedirect.com/scien 在将TAIL-seq的数据研究一番之后,除了一些正常的结论之外还意外的发现了...
PolyA法转录组测序数据分析报告模板
本发明属于基因测序技术领域,具体涉及一种不依赖PolyA尾的纳米孔直接RNA测序建库方法。本发明通过优化接头设计使反转录接头的连接摆脱对PolyA尾的依赖,在反转录接头连接后使用UDG和内切酶的组合去除接头屏蔽,再连接测序接头进行直接RNA测序。该方法不依赖RNA的PolyA尾,
一种不依赖PolyA尾的纳米孔直接RNA测序建库方法 喜欢 0 阅读量: 3 申请(专利)号: 202410630280 申请(专利权)人: 中山大学 发明人:骆观正,陈鸿萱,谢应源,张璋,兰烨琳,罗汝佳,任泽慧,吴赋 收藏 引用 批量引用 报错 分享 全部来源 求助全文 cprs.patentstar.com.cn 0...
27、在另一方面,本发明还提供了一种mrna polya长度检测盒,其包括上述的脱氧核酶dnazyme(8-17),dnazyme(8-17)的序列如seq id no: 11所示。 28、本发明提供的rna polya长度的检测方法,首先根据mrna的3'端utr区设计并筛选能够特异性切割rna的剪切酶;然后采用剪切酶处理mrna,生成带有polya结构的rna片段以及不带有...
的3端的UTR区包括SEQ ID NO: 1所示 序列时,所述具RNA剪切活性的DNA核酶为脱氧核酶DNAzyme(8‑17)。 8.如权利要求7所述的方法,其中,所述脱氧核酶DNAzyme(8‑17)的序列如SEQ ID NO: 11所示。 9. 一种mRNA polyA结构长度检测试剂盒,其包括序列如SEQ ...
通常大家提到转录组测序,指的是mRNA-seq,在测序文库构建的实验阶段我们有两个选项: 去除rRNA 富集polyA 因为真核生物的mRNA都是有polyA尾巴结构,示意图如下: 但是慢慢的科研热点转到了lncRNA,虽然lncRNA只有部分具有polyA尾结构,但也意味着公共数据库里面海量的mRNA-seq表达矩阵里面,都是可以提取到lncRNA部分,新的分...
图1:左右分别为pacbio和ONT的测序建库原理 图2:cDNA的PolyA尾巴比对到了基因组上碱基A富集的区域 正文: 由于三代reads错误率高的特性,直接用正则的方法trim PolyA不太可行。 trim_isoseq_polyA trim_isoseq_polyA是我最先使用的软件,它是pacbio ccs流程中的去除PolyA步骤的独立版本。原理是基于已知的pacbio read...