目前大多数发表的 RNA-seq 数据都是基于 oligo-dT 方法富集包含 poly(A)尾巴的转录本,但是这种方法除了会导致 3ʹ端偏好外,很多不含 Poly-A 尾巴的非编码 RNA,例如 miRNA 和增强子 RNA 不会被测到。短链非编码 RNAs(如 miRNA)既无法用 oligo-dT 方法富集,因此对其研究需要特定的分离建库方法,一般是切胶或...
首先,用于建库的RNA分子需要是全长转录本,但由于RNA提取、分离过程中会导致RNA断裂或实验过程中RNA降解,使得理想状态并非总能实现。这种情况在短读长RNA-seq中也会导致可控的3ʹ端偏好,但对定位于应用长读长的RNA-seq分析全长转录组的研究者来说,即使是低水平的RNA降解,效果也会受限。因此,相关研究者需要在RNA...
通过PCR扩增完纯化后,进行文库质检,质检完的文库就成了标准的测序文库。 注意,不同样品的total RNA中mRNA含量差异较大,若total RNA起始投入量过低,不能保证有足够的mRNA用于后续建库,因此建议RNA起始量为1～4μg。 在建库的时候会对mRNA的完整度有较高的要求。只有在完整度高的mRNA中测序才会产生比较好的测序结果。
在short-read RNA-seq建库前利用唯一分子标识符(UMI)标记cDNA分子,从而解决短读长问题做到测序全长mRNA。基于这个技术可以对长达4 kb的转录本异构体进行鉴定和定量。从根本上解决short-cDNA测序固有限制的最有效的方法还是long-read cDNA测序和dRNA-seq方法。 long-read cDNA 测序 尽管Illumina是目前主流的RNA-seq...
本文将简单介绍RNA-Seq建库策略--Smart-seq2的基本原理 smart-seq2流程.png 1.收集细胞 将细胞处理后(胚胎需去除透明带),置于含有RNA酶抑制剂的细胞裂解中,如果不立即进行实验需置于-80℃保存。(细胞处理过程尽量小于30min,避免细胞状态改变) 2.反转录为cDNA(此方法的独特之处,具体细节请看原文) ...
介绍Watchmaker 公司的低起始量、低质量 RNA 样本的 RNA-seq 测序建库试剂盒。 这个试剂盒通过优化酶、接头、操作流程等一系列改进,做到了能够对低起始量、低质量 RNA 样本(包括从 FFPE 石蜡样本中回收的 RNA)进行RNA-seq 测序建库的目的。并且能够得到良好的测序结果。
下图是mRNA测序的建库过程图。 1、mRNA分离 首先是利用真核生物的mRNA都有Poly(A)尾巴这个特点,用带有Poly(T)探针的磁珠与总RNA进行杂交。然后Poly(T)探针就和带Poly(A)尾巴的mRNA结合在一起,接下来就回收磁珠,去除其他RNA。 mRNA片段化 再使用Frag/Prime Buffer对mRNA进行打断; ...
在short-read RNA-seq建库前利用唯一分子标识符(UMI)标记cDNA分子,从而解决短读长问题做到测序全长mRNA。基于这个技术可以对长达4 kb的转录本异构体进行鉴定和定量。从根本上解决short-cDNA测序固有限制的最有效的方法还是long-read cDNA测序和dRNA-seq方...
有哪些常见的RNA-seq建库技术?各有什么特点 two commonly used RNA-seq library preparation protocols: poly-A-tailed mRNA selection (PA) ribo-depletion (RD) PA showed better performance in the expression-based classification PA protocol better represented total RNA compared to the RD protocol. ...
图2. 翌圣提供不同mRNA富集方法建库解决方案二、产品推荐Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit是一款高效RNA文库构建试剂盒,通过流程优化,将二链二成,末修加A等步骤合并为一步完成,大大降低实验操作时间,同时用户可自行选择RNA富集模块进行文库构建。