Illumina RNA-Seq的原理是通过富集mRNA（polyA富集）或去除rRNA，产生片段化的RNA序列，然后将RNA逆转录生成双链cDNA，在片段末尾加入测序接头后进行PCR扩增。cDNA分子聚集在流动池，通过DNA合成体系中的3’端封锁荧光标记的核苷酸底物读取荧光信号，从一端（单端测序）或两端（成对末端测序）进行测序。常用的方法包括TAIL...
全长转录组(Iso-Seq)是指利用三代单分子实时测序技术(SMRT),无需对RNA进行打断和拼接,即可直接获得完整的全长转录本。由于该方法可以获得全长转录本,因此与二代短序列测序技术的RNA-seq对比,侧重于转录本结构的分析,能够准确识别转录本同源异构体(isoform)、可变剪切、可变polyA、融合基因、等位基因等,因此在转录本...
话说这个TAIL-seq起初就是为了研究mRNA后面的polyA有多长以及有什么分布特点而建立的,具体原理就是将总RNA在3' 连接上生物所标记的adapter,之后做逆转录等一系列建库流程,随后测序分析polyA信息的技术(图1)。 图1来源:sciencedirect.com/scien 在将TAIL-seq的数据研究一番之后,除了一些正常的结论之外还意外的发现了...
PolyA法转录组测序数据分析报告模板
RNA 富集 双链cDNA合成 末端修复、加A和接头 片段选择和 PCR 扩增 文库质检 Illumina测序 分析流程 RNA-seq的核心是基因表达差异的显著性分析,使用统计学方法,比较两个条件或多个条件下的基因表达差异,从中找出与条件相关的特异性基因,然后进一步分析这些特异性基因的生物学意义,分析过程包括质控、比对、定量...
通常大家提到转录组测序,指的是mRNA-seq,在测序文库构建的实验阶段我们有两个选项: 去除rRNA 富集polyA 因为真核生物的mRNA都是有polyA尾巴结构,示意图如下: 但是慢慢的科研热点转到了lncRNA,虽然lncRNA只有部分具有polyA尾结构,但也意味着公共数据库里面海量的mRNA-seq表达矩阵里面,都是可以提取到lncRNA部分,新的...
通常大家提到转录组测序,指的是mRNA-seq,在测序文库构建的实验阶段我们有两个选项: 去除rRNA 富集polyA 因为真核生物的mRNA都是有polyA尾巴结构,示意图如下: 但是慢慢的科研热点转到了lncRNA,虽然lncRNA只有部分具有polyA尾结构,但也意味着公共数据库里面海量的mRNA-seq表达矩阵里面,都是可以提取到lncRNA部分,新的...
PolyA-Seq 可产生6G 的Clean bases ,可 准确检测低丰度基因转录本,能够揭示转录组的复杂性,确定基因以及转录本结构、可变剪接、RNA 编辑、带 polyA 尾非编码 RNA 和新转录本。 1.1 实验流程 PolyA-Seq 测序流程如图1 所示。 图1 PolyA-Seq 测序流程 4 1.2 信息分析流程 获得原始测序数据(Raw Data )后,首先...
通常大家提到转录组测序,指的是mRNA-seq,在测序文库构建的实验阶段我们有两个选项: 去除rRNA 富集polyA 因为真核生物的mRNA都是有polyA尾巴结构,示意图如下: 但是慢慢的科研热点转到了lncRNA,虽然lncRNA只有部分具有polyA尾结构,但也意味着公共数据库里面海量的mRNA-seq表达矩阵里面,都是可以提取到lncRNA部分,新的...