1、scRNA-seq 技术及其在植物中的应用植物细胞的分化过程中在细胞和细胞类型之间产生异质性，并在发育过程中相互关联。决定细胞发育过程的特定基因的表达水平在细胞发育阶段之间存在显著差异，因此在单细胞水平上研究这一过程非常重要。获得单个细胞基因表达谱是scRNA-seq相对于普通转录组技术的一个关键优势。图 10x ...
单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)通过对分选的单个细胞核进行ATAC-seq,在单细胞水平上研究开放的染色质区域,单个细胞核可通过基于微流控技术的 10x Genomics Chromium 单细胞 ATAC 分选,使用gel-bead结合细胞核。 3、空间转录组技术及其在植物中的应用 scRNA-seq 的一个问题是在细胞分离过程中会丢失组织中单个细胞的空间...
单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)通过对分选的单个细胞核进行ATAC-seq,在单细胞水平上研究开放的染色质区域,单个细胞核可通过基于微流控技术的 10x Genomics Chromium 单细胞 ATAC 分选,使用gel-bead结合细胞核。 3、空间转录组技术及其在植物中的应用 scRNA-seq 的一个问题是在细胞分离过程中会丢失组织中单个细胞的空间...
分离叶片原生质体以产生单细胞(图3A),每毫升约分离出1500个原生质体。文库构建和scRNA-seq的基本实验流程如图3B所示。纯化的原生质体使用商业化的10x Chromium平台进行处理,使用UMI计数评估有效细胞的数量(图3C)。scRNA-seq数据来自8846个细胞,每个细胞平均有35874个reads和2352个基因(图3D)。细胞的t-SNE分布如图3E所示。
1、scRNA-seq 技术及其在植物中的应用 植物细胞的分化过程中在细胞和细胞类型之间产生异质性,并在发育过程中相互关联。决定细胞发育过程的特定基因的表达水平在细胞发育阶段之间存在显著差异,因此在单细胞水平上研究这一过程非常重要。获得单个细胞基因表达谱是scRNA-seq相对于普通转录组技术的一个关键优势。
该研究题为“A Single-cell transcriptome atlas reveals the trajectory of early cell fate transition during callus induction in Arabidopsis”,通过单细胞转录组技术(scRNA-seq)构建了愈伤组织诱导的详细单细胞转录图谱,确定了负责启动早期愈伤组织的细...
采用scRNA-seq平台对原生质体细胞进行检测，成功获得12222个高质量细胞的转录组数据。进一步通过主成分分析(PCA)和无监督聚类，分离14个不同的细胞类群。根据数据库中报道细胞类型marker鉴定，将14个不同的cluster分为8个细胞群，包括叶肉细胞(MC)、色素腺体细胞(PG)、表皮细胞(EC)、保卫细胞(GC)、木质部细胞(XC)、...
在花生研究中，科学家们利用单细胞 RNA-seq (scRNA-seq) 技术成功地在花生叶片中开发了一个原生质体细胞分离系统。通过应用这一技术，总共获得了6,815个单细胞，将其分为8个细胞簇。基于伪时间分析，研究者描述了叶片生长过程中不同细胞类型的转录因子（TF）的发育轨迹和相互作用网络。这一轨迹揭示了...
采用scRNA-seq平台对原生质体细胞进行检测,成功获得12222个高质量细胞的转录组数据。进一步通过主成分分析(PCA)和无监督聚类,分离14个不同的细胞类群。根据数据库中报道细胞类型marker鉴定,将14个不同的cluster分为8个细胞群,包括叶肉细胞(MC)、色素腺体细胞(PG)、表皮细胞(EC)、保卫细胞(GC)、木质部细胞(XC)、原...
基于标记基因,应用 scRNA-seq 将总共 6,815 个单细胞分成 8 个细胞簇。使用伪时间分析来描述叶片生长过程中不同细胞类型的转录因子(TF)的发育轨迹和相互作用网络。该轨迹使重新研究叶肉和表皮的原基驱动的发育过程成为可能。这些结果表明栅栏细胞可能分化为海绵状细胞,而表皮细胞起源于叶原基之前。根据获得的 scRNA-...