dev.off() 不仅如此,通过设置display_numbers为维度与绘制热图的数据data相同的矩阵,可以在色块上个性化显示各种信息。比如当某个基因在某个样本中表达量的fpkm值大于10的时候,在色块上显示“+”,否则什么都不显示,就可以通过如下代码创建一个矩阵(如图8)。 1 然后再传递给display_numbers参数来实现(如图9)。 # ...
pheatmap(data_norm,display_numbers=TRUE,cellheight=15,cellwidth=20,color=colorRampPalette(colors=c("purple","white","green"))(10)) 4. 在cell中添加mark display_numbers=matrix:使用自定义矩阵数据 fontsize_number=18:mark大小 filename="name.png/pdf": 保存 data_mark=data_norm# 新建mark矩阵for...
pheatmap(test, display_numbers = TRUE,number_color = "blue") # 设定数值的显示格式 pheatmap(test, display_numbers = TRUE, number_format = "%.1e") #设定条件式展示 pheatmap(test, display_numbers = matrix(ifelse(test > 5, "*", ""), nrow(test))) 设置legend 设定legend展示的值 #legend...
#number_color参数设置数值字体的颜色 pheatmap(test, display_numbers = TRUE,number_color = "blue") # 设定数值的显示格式 pheatmap(test, display_numbers = TRUE, number_format = "%.1e") #设定条件式展开 pheatmap(test, display_numbers = matrix(ifelse(test > 5, "*", ""), nrow(test))) #...
display_numbers=TRUE# 使用默认矩阵数据 display_numbers=matrix# 使用自定义矩阵数据 fontsize_number=18# mark大小 cutree_rows=num# 分割行 cutree_cols=num# 分割列 scale="column"# 列标准化 scale="row"# 行标准化 cellwidth=20# cell宽度 cellheight=20# cell高度 fontsize_number=18# mark大小 file...
number_format 可以格式输出display_number 或者干脆自定义一个matrix通过display_numbers参数进行display # legend(图例)的设置选项pheatmap(test)# p1pheatmap(test, legend_breaks = -1:7)# p2pheatmap(test, legend_breaks = 1:6, legend_labels = c("6","6","6","6","6","6"))# p3pheatmap(test...
pheatmap(test,display_numbers=TRUE,number_color="blue") # 设定数值的显示格式 代码语言:javascript 复制 pheatmap(test,display_numbers=TRUE,number_format="%.1e") #设定条件式展示 代码语言:javascript 复制 pheatmap(test,display_numbers=matrix(ifelse(test>5,"*",""),nrow(test))) ...
pheatmap(test, display_numbers = TRUE,number_color = "blue") 1. # 设定数值的显示格式 pheatmap(test, display_numbers = TRUE, number_format = "%.1e") 1. #设定条件式展示 pheatmap(test, display_numbers = matrix(ifelse(test > 5, "*", ""), nrow(test))) ...
pheatmap(test, display_numbers = TRUE, number_format ="%.1e") #设定条件式展示 pheatmap(test, display_numbers = matrix(ifelse(test> 5,"*",""), nrow(test))) 设置legend 设定legend展示的值 #legend_breaks参数设定图例显示范围,legend_labels参数添加图例标签 ...
pheatmap(test,display_numbers=matrix(ifelse(test>5,'*',''),nrow(test))) pheatmap(test,cluster_row=FALSE,legend_breaks=-1:4,legend_labels=c('0', '1e-4','1e-3','1e-2','1e-1','1')) # Fix cell sizes and save to file with correct size ...