Pheatmap是一个用于绘制热图的R语言包。它可以根据输入的数据生成具有颜色编码的矩阵,用于可视化数据集中的模式和关联性。 display_numbers参数是Pheatmap中的一个可选参数,用...
利用display_numbers参数可以在热图中的每个cell中填入想要的信息,例如相对丰度信息。利用cutree_rows和cutree_cols参数可以根据聚类产生的tree信息对热图进行分割。利用annotation_col和annotation_row参数可以给横或列添加分组信息。本文将先模拟输入矩阵数据,然后再展示这些参数的具体使用方法。 一、模拟输入矩阵 set.seed(...
利用display_numbers参数可以在热图中的每个cell中填入想要的信息,例如相对丰度信息。利用cutree_rows和cutree_cols参数可以根据聚类产生的tree信息对热图进行分割。利用annotation_col和annotation_row参数可以给横或列添加分组信息。本文将先模拟输入矩阵数据,然后再展示这些参数的具体使用方法。 一、模拟输入矩阵 set.seed(...
利用display_numbers参数可以在热图中的每个cell中填入想要的信息,例如相对丰度信息。利用cutree_rows和cutree_cols参数可以根据聚类产生的tree信息对热图进行分割。利用annotation_col和annotation_row参数可以给横或列添加分组信息。本文将先模拟输入矩阵数据,然后再展示这些参数的具体使用方法。 一、模拟输入矩阵set.seed(...
用途:如果display_numbers为TRUE,则此参数指定数值的格式(如"%.2f"表示保留两位小数)。 默认值:通常是某种默认格式 legend 数据类型:布尔值或列表 用途:是否显示图例。如果为列表,则可以自定义图例的参数。 默认值:TRUE legend_breaks 和legend_labels 数据类型:数值向量或字符向量 用途:分别指定图例的间断点和标签...
利用display_numbers参数可以在热图中的每个cell中填入想要的信息,例如相对丰度信息。利用cutree_rows和cutree_cols参数可以根据聚类产生的tree信息对热图进行分割。利用annotation_col和annotation_row参数可以给横或列添加分组信息。本文将先模拟输入矩阵数据,然后再展示这些参数的具体使用方法。
display_numbers=TRUE, #显示数字 legend = TRUE ) #---按分组为行添加分组条(为列添加分组条也类似)--- setwd('D:\\DeskFile\\ZhiHu\\20231010 热图') library(pheatmap) library(RColorBrewer) data <- read.table("热图.txt",header=TRUE,row.names = 1) ...
使用pheatmap包绘制热图 一般而言，pheatmap较heatmap.2等更为简洁以及易于理解，对于初学者而言是一款不错...
pheatmap默认会对输入矩阵数据的行和列同时进行聚类,但是也可以通过布尔型参数cluster_rows和cluster_cols设置是否对行或列进行聚类,具体看分析需求。利用display_numbers参数可以在热图中的每个cell中填入想要的信息,例如相对丰度信息。利用cutree_rows和cutree_cols参数可以根据聚类产生的tree信息对热图进行分割。本文将先模...
利用display_numbers参数可以在热图中的每个cell中填入想要的信息,例如相对丰度信息。利用cutree_rows和cutree_cols参数可以根据聚类产生的tree信息对热图进行分割。利用annotation_col和annotation_row参数可以给横或列添加分组信息。本文将先模拟输入矩阵数据,然后再展示这些参数的具体使用方法。