wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz 解压后可以看到Pfam-A.hmm的格式 3.本地使用 测试数据:NC_000913.3 #hmmpress格式化hmm数据库 hmmpress Pfam-A.hmm #比对搜索 hmmsearch --tblout export.txt -E 1e-5 Pfam-A.hmm NC_000913.3.faa hmmsearch --tblout ...
Pfam-A.hmm.gz Pfam-A.hmm.dat.gz Pfam-B.hmm.gz Pfam-B.hmm.dat.gz active_site.dat.gz注意:Pfam-A为高质量,手工确定的蛋白结构域数据,Pfam-B为基于Pfam-A数据库自动注释得到的蛋白结构域数据库. √ HMMER3(http://www.hmmer.org/download.html) √ Anaconda3(https://repo.anaconda.com/archi...
#新建文件夹“pfam” wget http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam34.0/Pfam-A.hmm.gz#下载gunzip -c Pfam-A.hmm.gz > Pfam-A.hmm#解压 conda install hmmer#安装 hmmpress Pfam-A.hmm#构索引 nohup hmmscan--domtblout pfam.domtblout Pfam-A.hmm Ptri.protein.fa 注释 #查看文件...
#新建文件夹“pfam” wget http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam34.0/Pfam-A.hmm.gz#下载 gunzip-c Pfam-A.hmm.gz>Pfam-A.hmm#解压 conda install hmmer#安装 hmmpress Pfam-A.hmm#构索引 nohup hmmscan--domtblout pfam.domtblout Pfam-A.hmm Ptri.protein.fa&#注释 #查看文件pf...
Pfam的数据库主要有两个,Pfam_ls和Pfam_fs,我们主要使用Pfam_ls,所以就只下了这一个:Pfam_ls.gz ,解压后实际大小约700M。这里建议新建一个名字叫Pfam的工作文件夹,并把解压后的库文件放在这个文件夹下,以后做hmmpfam分析时的输入输出序列也放在这个文件夹下,这样使用起来不用特别指定目录,比较方便,个人经验,...
得到PFAM 数据库的 HMM 文件。 HMM 文件是文本文件,需要将其变成二进制格式,以加快运算速度,同时进行压缩,并建立成索引数据库。 命令: hmmpress Pfam-A.hmm 8.5 使用 hmmscan 进行 Pfam 注释示例: hmmscan -o out.txt --tblout out.tbl --noali -E 1e-5 Pfam-A.hmm file.fasta ...
tarzxvf PfamScan.tar.gz exportPATH=/path/to/install/hmmer3/bin:$PATH exportPERL5LIB=/path/to/pfam_scanDir:$PERL5LIB 4. 对应的数据库下载:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_releases/ 需下载的数据库包括:Pfam-A.hmm, Pfam-A.hmm.dat,Pfam-B.hmm,Pfam-B.hmm.dat,active_site...
一个蛋白质可以只包含一个结构域也可以由 几个结构域组成，故结构域是能够独立折叠为稳定的三级结构的...
Pfam的数据库主要有两个,Pfam_ls和Pfam_fs,我们主要使用Pfam_ls,所以就只下了这一个:Pfam_ls.gz ,解压后实际大小约700M。这里建议新建一个名字叫Pfam的工作文件夹,并把解压后的库文件放在这个文件夹下,以后做hmmpfam分析时的输入输出序列也放在这个文件夹下,这样使用起来不用特别指定目录,比较方便,个人经验,...
PARS is a python package for browsing and downloading files deposed in Pfam and Rfam databases (e.g. sequences, alignments, hmm). It has implemented classes dedicated to Pfam data like: PfamFamily or PfamClan. PARS is compatible with Biopython modules, but also is extended by HMMER wrapper ...