点击Download -> Pfam 下载数据库(285M) 我是准备使用hmmsearch软件,也可以下载interproscan wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz 解压后可以看到Pfam-A.hmm的格式 3.本地使用 测试数据:NC_000913.3 #hmmpress格式化hmm数据库 hmmpress Pfam-A.hmm #比对搜索 hmmsea...
Pfam-A.hmm.gz Pfam-A.hmm.dat.gz Pfam-B.hmm.gz Pfam-B.hmm.dat.gz active_site.dat.gz注意:Pfam-A为高质量,手工确定的蛋白结构域数据,Pfam-B为基于Pfam-A数据库自动注释得到的蛋白结构域数据库. √ HMMER3(http://www.hmmer.org/download.html) √ Anaconda3(https://repo.anaconda.com/archi...
PARS is a python package for browsing and downloading files deposed in Pfam and Rfam databases (e.g. sequences, alignments, hmm). It has implemented classes dedicated to Pfam data like: PfamFamily or PfamClan. PARS is compatible with Biopython modules, but also is extended by HMMER wrapper ...
8.4 对.hmm 数据构建索引 得到PFAM 数据库的 HMM 文件。 HMM 文件是文本文件,需要将其变成二进制格式,以加快运算速度,同时进行压缩,并建立成索引数据库。 命令: hmmpress Pfam-A.hmm 8.5 使用 hmmscan 进行 Pfam 注释示例: hmmscan -o out.txt --tblout out.tbl --noali -E 1e-5 Pfam-A.hmm file...
Pfam-A.hmm hmmpress Pfam-B.hmm ### Optional ### Download GRCh38 Gencode v33 mkdir -p genomes/GRCh38/g33/ curl ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_33/gencode.v33.pc_transcripts.fa.gz > genome_annotation/GRCh38/g33/gencode.v33.pc_transcripts.fa.gz ...
原pfam数据库下载的hmm模型文件为文本文件,可以使用文本编辑器查看文件中的内容。数据库整合后,这些文件的编码格式变为二进制文件,无法通过文本编辑器打开,导致hmmsearch等配套软件无法读取。运行时会出现如下错误。 hmmsearch-wrong-info.png 下载的文件不能打开是因为本身格式为压缩文件,加上gz后缀即可解压获取文本文件[...