点击Download -> Pfam 下载数据库(285M) 我是准备使用hmmsearch软件,也可以下载interproscan wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz 解压后可以看到Pfam-A.hmm的格式 3.本地使用 测试数据:NC_000913.3 #hmmpress格式化hmm数据库 hmmpress Pfam-A.hmm #比对搜索 hmmsea...
点击所需查看的结构，即可查看详细信息或下载gff文件进行进一步分析 点击Download -> Pfam，下载数据库（285M）准备使用hmmsearch软件，也可下载interproscan软件 解压后，可看到Pfam-A.hmm的格式 测试数据：NC_000913.3 测试数据：官网示例数据 结果 参考：苏点点：基于Pfam中hmm结构的基因家族分析 如何预...
PARS is a python package for browsing and downloading files deposed in Pfam and Rfam databases (e.g. sequences, alignments, hmm). It has implemented classes dedicated to Pfam data like: PfamFamily or PfamClan. PARS is compatible with Biopython modules, but also is extended by HMMER wrapper ...
Pfam-A.hmm.dat.gz Pfam-B.hmm.gz Pfam-B.hmm.dat.gz active_site.dat.gz注意:Pfam-A为高质量,手工确定的蛋白结构域数据,Pfam-B为基于Pfam-A数据库自动注释得到的蛋白结构域数据库. √ HMMER3(http://www.hmmer.org/download.html) √ Anaconda3(https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019...
wget -c http://bioinfo.life.hust.edu.cn/static/AnimalTFDB3/download/hmm/* 9.1.2 下载97个物种的蛋白序列、转录因子、转录辅助因子、转录辅助因子序列 wget http://bioinfo.life.hust.edu.cn/static/AnimalTFDB3/download/Ailuropoda_melanoleuca_TF_protein.fa wget http://bioinfo.life.hust.edu.cn/sta...
Distributed Annotation System HMM: hidden Markov model TP: true positive FP: false positive TN: true negative FN: false negative P: potential References Finn RD, Mistry J, Schuster-Bockler B, Griffiths-Jones S, Hollich V, Lassmann T, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Durbin R, ...
B.hmm.gz | gunzip > pfam_db/Pfam-B.hmm curl ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam27.0/Pfam-B.hmm.dat.gz | gunzip > pfam_db/Pfam-B.hmm.dat hmmpress Pfam-A.hmm hmmpress Pfam-B.hmm ### Optional ### Download GRCh38 Gencode v33 mkdir -p genomes/GRCh38/g33/ ...
PF00010-hmm-download.png 3. 新版数据库使用问题 新版数据库检索内容与原pfam数据库类似,目前发现了以下问题,和大家分享一下。 3.1 hmm模型文件编码方式修改 原pfam数据库下载的hmm模型文件为文本文件,可以使用文本编辑器查看文件中的内容。数据库整合后,这些文件的编码格式变为二进制文件,无法通过文本编辑器打开,导...
2.下载比对的库 http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm:Pfam-Alibrary of HMMs# HHMs Pfam-A数据库Pfam-A.hmm.dat:contains info about each Pfam-Afamily# 每个Pfam-A 家族的信息active_site.dat:contains active site info about each family(requiredforthe-asoption)#...
#MATCH L L+ N+l+s+++ aF++ls+L L+L +l +l+p+a+ gL++L +L+L++N+L, #PP 6789***98, #SEQ ALWLDGNNLSSVPPAAFQNLSSLGFLNLQGGQLGSLEPQALLGLENLCHLHLERNQL #> 3 #HMM pnLtsLdLsnNrltslddeaFkglsnLkvLdLsnNllttlspgafsgLpsLrsLdLsgNrL, #MATCH p L sL LsnNrl+ l+d+ F+gl +L L+L+...