Pfam-A.hmm.dat.gz Pfam-B.hmm.gz Pfam-B.hmm.dat.gz active_site.dat.gz注意:Pfam-A为高质量,手工确定的蛋白结构域数据,Pfam-B为基于Pfam-A数据库自动注释得到的蛋白结构域数据库. √ HMMER3(http://www.hmmer.org/download.html) √ Anaconda3(https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019...
tarzxvf PfamScan.tar.gz exportPATH=/path/to/install/hmmer3/bin:$PATH exportPERL5LIB=/path/to/pfam_scanDir:$PERL5LIB 4. 对应的数据库下载:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_releases/ 需下载的数据库包括:Pfam-A.hmm, Pfam-A.hmm.dat,Pfam-B.hmm,Pfam-B.hmm.dat,active_site....
-e_dom : specify hmmscan evalue domain cutoff for Pfam-A searches (default Pfam defined) -b_seq : specify hmmscan bit score sequence cutoff for Pfam-A searches (default Pfam defined) -b_dom : specify hmmscan bit score domain cutoff for Pfam-A searches (default Pfam defined) -pfamB : ...
Pfam-A.hmm.dat.gz Pfam-A.hmm.gz active_site.dat.gz 最新版的Pfam数据库不再有Pfam-B了,所有直接下载Pfam-A.hmm,Pfam-A.hmm.dat 和active_site.dat,下载完成后解压所下载文件:gunzip Pfam-A.hmm.gz Pfam-A.hmm.dat.gz active_site.dat.gz ...
3、Pfam-A.full.gz:针对pfamseq/UniProtKB参考蛋白质组进行搜索,得到的curated家族的完全比对结果(在Pfam 29.0之前,该文件包含与整个UniProtKB的匹配)。 4、Pfam-A.full.uniprot.gz:针对UniProtKB进行搜索,得到的curated家族的完整比对结果。 5、Pfam-A.hmm.dat.gz:包含每个 Pfam-A 家族信息的数据文件 ...
mkdir -p pfam_db curl ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz | gunzip > pfam_db/Pfam-A.hmm curl ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.dat.gz | gunzip > pfam_db/Pfam-A.hmm.dat curl ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/database...
tarzxvf PfamScan.tar.gz exportPATH=/path/to/install/hmmer3/bin:$PATH exportPERL5LIB=/path/to/pfam_scanDir:$PERL5LIB 4. 对应的数据库下载: 需下载的数据库包括:Pfam-A.hmm, Pfam-A.hmm.dat,Pfam-B.hmm,Pfam-B.hmm.dat,active_site.dat。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam32.0/Pfam-A.hmm.dat.gz&pengzw@super-server:~/biosoft/pfam/PfamData$ nohup wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/Tools/PfamScan.tar.gz&pengzw@super-server:~/biosoft/pfam/PfamData$ gunzip Pfam-A.hmm.gz Pfam-A.hmm.dat.gz ...
Pfam-A.hmm.dat.gz Pfam-A.hmm.gz active_site.dat.gz 最新版的Pfam数据库不再有Pfam-B了。 wget ftp://ftp.ebi.ac.uk:21/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz wget ftp://ftp.ebi.ac.uk:21/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.dat.gz wget ftp://ftp.ebi.ac.uk:...
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk:21/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz wget ftp://ftp.ebi.ac.uk:21/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.dat.gz wget ftp://ftp.ebi.ac.uk:21/pub/databases/Pfam/current_release/active_site.dat.gz gunzip*.gz hmmpressPfam-A.hmm#建库 ...