同时下载Pfam-A.hmm.dat文件,将其与Pfam-A.hmm放在同一目录下, 然后调用pfam_scan.pl,可以成功: 注意: ① 一般文件Pfam-A.hmm和Pfam-A.hmm.dat不在同一目录下,或者某文件丢失会出现如下报错: ② Pfam-A.hmm 数据库可以使用软连接
4. 对应的数据库下载:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_releases/ 需下载的数据库包括:Pfam-A.hmm, Pfam-A.hmm.dat,Pfam-B.hmm,Pfam-B.hmm.dat,active_site.dat。 通过hmmerspress来把下载的数据建库: hmmpressPfam-A.hmm hmmpressPfam-B.hmm 三、使用说明 ./pfam_scan.pl -fasta <...
Pfam-A.hmm.gz Pfam-A.hmm.dat.gz Pfam-B.hmm.gz Pfam-B.hmm.dat.gz active_site.dat.gz注意:Pfam-A为高质量,手工确定的蛋白结构域数据,Pfam-B为基于Pfam-A数据库自动注释得到的蛋白结构域数据库. √ HMMER3(http://www.hmmer.org/download.html) √ Anaconda3(https://repo.anaconda.com/archi...
Pfam-A.hmm Pfam-A.hmm.dat Pfam-B.hmm Pfam-B.hmm.dat active_site.dat HMMER3 (http://hmmer.janelia.org/software) 准备工作: Perl 和bioperl的安装 我的已经安装过了,据说可以通过一下方法安装 sudo apt-get install perl ( replace perl with bioperl for installation of bioperl) Moose的安装 sud...
mkdir -p pfam_db curl ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz | gunzip > pfam_db/Pfam-A.hmm curl ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.dat.gz | gunzip > pfam_db/Pfam-A.hmm.dat curl ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/database...
最新版的Pfam数据库不再有Pfam-B了,所有直接下载Pfam-A.hmm,Pfam-A.hmm.dat 和active_site.dat,下载完成后解压所下载文件:gunzip Pfam-A.hmm.gz Pfam-A.hmm.dat.gz active_site.dat.gz Pfam下载文件 二:通过hmmerspress格式化Pfam数据库 $hmmpress Pfam-A.hmm ...
5、Pfam-A.hmm.dat.gz:包含每个 Pfam-A 家族信息的数据文件 6、Pfam-A.hmm.gz:Pfam HMM 库,用于结构域比对 官方说明:https://pfam-docs.readthedocs.io/en/latest/ftp-site.html 三、Pfam-A本地化 ##下载Pfam-A.hmm## wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam35.0/Pfam-A.hmm...
需下载的数据库包括:Pfam-A.hmm, Pfam-A.hmm.dat,Pfam-B.hmm,Pfam-B.hmm.dat,active_site.dat。 通过hmmerspress来把下载的数据建库: hmmpressPfam-A.hmm hmmpressPfam-B.hmm 三、使用说明 ./pfam_scan.pl -fasta <fasta_file> -dir <directorylocation of Pfam files> ...
下载Pfam-A.hmm并解压,并执行hmmpress Pfam-A.hmm 同时下载Pfam-A.hmm.dat文件,将其与Pfam-A.hmm放在同一目录下, 然后调用pfam_scan.pl,可以成功: 注意: ① 一般文件Pfam-A.hmm和Pfam-A.hmm.dat不在同一目录下,或者某文件丢失会出现如下报错:
下载Pfam-A.hmm并解压,并执行hmmpress Pfam-A.hmm 同时下载Pfam-A.hmm.dat文件,将其与Pfam-A.hmm放在同一目录下, 然后调用pfam_scan.pl,可以成功: 注意: ① 一般文件Pfam-A.hmm和Pfam-A.hmm.dat不在同一目录下,或者某文件丢失会出现如下报错: