按照这个过程,我可以检索一些HMM,但是我必须在keyfile中指定名称。这种方法不方便,因为我必须检索原始文件中存在的所有HMM。 我尝试做的下一件事是使用以下命令将原始文件拆分为单个文件: csplit --digits=2 --quiet --prefix=hmm Pfam-A.hmm "///+1" "{*}" 将文件拆分为单独的文件非常有效,我唯一不知道的...
wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz 解压后可以看到Pfam-A.hmm的格式 3.本地使用 测试数据:NC_000913.3 #hmmpress格式化hmm数据库 hmmpress Pfam-A.hmm #比对搜索 hmmsearch --tblout export.txt -E 1e-5 Pfam-A.hmm NC_000913.3.faa hmmsearch --tblout ...
2.查阅文献或通过参考同源基因,去Pfam数据库下载相应的hmm结构文件。 例如我需要研究在茶树中是否具有Myb-like DNA-Binding Domain 的蛋白,即预测茶树基因组中所有的Myb因子。我们已知它在Pfam数据库里面对应的ID号是PF00249,因此我们直接去Pfam数据库通过ID号检索下载hmm文件即可。 如果不知道具体的ID号,但是知道大...
同时下载Pfam-A.hmm.dat文件,将其与Pfam-A.hmm放在同一目录下, 然后调用pfam_scan.pl,可以成功: 注意: ① 一般文件Pfam-A.hmm和Pfam-A.hmm.dat不在同一目录下,或者某文件丢失会出现如下报错: ② Pfam-A.hmm 数据库可以使用软连接
Pfam-A.hmm.dat.gz Pfam-B.hmm.gz Pfam-B.hmm.dat.gz active_site.dat.gz注意:Pfam-A为高质量,手工确定的蛋白结构域数据,Pfam-B为基于Pfam-A数据库自动注释得到的蛋白结构域数据库. √ HMMER3(http://www.hmmer.org/download.html) √ Anaconda3(https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019...
Usage: hmmpfam [-options] Available options are: -h : help; print brief help on version and usage -n : nucleic acid models/sequence (default protein) -A : sets alignment output limit to best domain alignments -E : sets E value cutoff (globE) to ; default 10 ...
用notepad++打开seed文件,可以看到其数据结构,具体含义参加stockholm文件说明。 通过肉眼比对,我们可以看到6个非常保守的半胱氨酸残基 通过HMM(隐形马尔科夫模型)的作图软件,可以绘制相应的图片,直观地展示序列特征 可以清楚地看到6个非常保守的半胱氨酸残基 在线作图网址:http://skylign.org/#showcase...
其实就是该物种的所有蛋白质对应的Pfam的集合。 该数据库最新版本为31.0, 于2017年3月更新,包含16712个蛋白质家族信息。ftp地址如下 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam31.0/ 后缀为hmm的文件是由HMMER3构建的隐马可夫模型,可用于序列比对。
Pfam-A是Pfam数据库的核心部分,包含了经过手动注释和验证的蛋白质家族。每个Pfam-A条目都包含了详细的注释信息,包括家族名称、功能描述、结构信息、进化关系以及相关的文献引用。Pfam-A条目还包含了隐马尔可夫模型(HMM),用于蛋白质序列的比对和分类。 2. Pfam-B ...
准备使用hmmsearch软件，也可下载interproscan软件 解压后，可看到Pfam-A.hmm的格式 测试数据：NC_000913.3 测试数据：官网示例数据 结果 参考：苏点点：基于Pfam中hmm结构的基因家族分析 如何预测蛋白质保守结构域？-InterPro在线工具使用详解 - 组学大讲堂问答社区 jianshu.com/p/1e6da8a5e...