翻译 PFAM 释义 [计]= Programmed Frequency Amplitude Modulation,程控频率幅度调制
Pfam(Protein Family Analysis and Modeling)是一个广泛使用的蛋白质家族数据库,由英国惠康信托基金会桑格研究所维护,主要用于蛋白质功能注释和进化分析。研究人员可通过其官方网站访问数据库,并利用相关工具进行序列比对、功能预测及跨库综合分析。以下从核心内容、功能应用、技术工具及未来挑战等方面展开...
Pfam注释是指对蛋白质家族的分类和功能注释,Pfam数据库是一个广泛使用的蛋白质序列数据库,专注于蛋白质的结构和功能域。Pfam数据库通过对蛋白质序列进行比对和分析,将具有相似结构和功能的蛋白质聚集在一起,形成不同的蛋白质家族。 Pfam注释在生物信息学、基因组学和蛋白质功能研究中具有重要的应用价值,研究人员可以...
Pfam是蛋白质家族的数据库,根据多序列比对结果和隐马尔可夫模型,将蛋白质分为不同的家族。网址如下 http://pfam.xfam.org/ 在该数据库中,提供了以下2个不同层级蛋白质家族信息。 1. family 每个family以PF编号唯一标识,示意如下 所有的family可以分为以下6种类型 ...
不过最近用了一段时间不同数据库,发现 pfam 的结果往往干净一点,简单来说,就是数据库的domain不多,但是还行,这个对于快速分析来说,还是实用。我测试了 Interpro 上 Pfam Search 的结果,认为还行。于是,干脆重新上线一个可视化功能,用于快速可视化对应结果,同时呢,配套这个推文。
在pfam数据库中,用户可以通过输入蛋白质序列进行搜索,查找该序列中包含的保守结构域。具体步骤如下: 登录pfam数据库后,进入“序列搜索”页面。 在搜索框中输入目标蛋白质序列,可以是FASTA格式或直接粘贴序列。 点击“搜索”按钮,pfam数据库会自动分析输入的序列,并列出与之匹配的保守结构域。
在基因家族分析中,通过pfam数据库检索获得已知基因家族的hmm模型(隐马模型)是必不可少的一步,最近发现pfam数据库有变动,和大家分享一下。 1. pfam数据库 pfam数据库是一个很常用的蛋白家族数据库,以UniProt数据库收录的蛋白数据为依据创建,目前更新至35.0版本(November 2021, 19632 条数据)。在该数据库可以下载某...
PFAM数据库是一个用于预测蛋白质结构和功能的数据库。它采用蛋白质序列的保守特征,将相似的序列归类为同一个家族。PFAM数据库包含了大量的蛋白质家族信息,可以帮助研究人员在蛋白质序列中发现潜在的功能和结构信息。 2. PFAM PFAM数据库主要基于蛋白质序列的保守结构域来进行分类。它将蛋白质序列中相同或相似的结构域...
结构域家族数据库PfamPfam数据库是一个蛋白质结构域家族的集合。蛋白质一般是由一个或多个功能区域组成,这些功能区域通常称作结构域。在不同的蛋白质中结构域以不同的组合出现,形成了蛋白质的...。蛋白质数据库一级蛋白质数据库:存储的是通过各种科学手段得到的最直接的基础数据。如X射线衍射法获得的蛋白质三级结...