微课堂中分析工具培训课程的链接地址:http://nmdc.cn/video Pfamscan工具介绍 #Pfam(http://pfam.sanger.ac.uk/)是一个被广泛使用的蛋白家族数据库,Pfam可以通过http://pfam.sanger.ac.uk/使用,他有两个数据库,高质量,手工确定的Pfam-A,自动注释...
SEQ 3. pfam数据库的注释及本地分析 (pfam_scan), 视频播放量 195、弹幕量 0、点赞数 7、投硬币枚数 0、收藏人数 12、转发人数 2, 视频作者 桓峰基因, 作者简介 ,相关视频:SEQ 7. 蛋白序列的结构特征预测(NetSurfP3),SEQ 5. 转录本蛋白编码能力预测(CPC2),SEQ 8. 蛋白序
随着高通量测序技术的发展,我们完全可以通过一级序列来预测该基因的结构域,pfam数据库是一个不错的选择,本文将记录通过pfam_scan来完成对多序列文件的结构域注释。虽然网页工具也能做这部分内容(https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/hmmscan),但是会限制文件大小。所以本地注释方法也需要掌握。
Usage: pfam_scan.pl -fasta <fasta_file> -dir <directory location of Pfam files> Useful options are: -outfile <file> : output file, otherwise send to STDOUT eg. pfam_scan.pl -fasta temp.pep -dir . Output from pfam_scan.pl Each output line contains the following information: <seq id>...
这个时候可以通过在终端输入:hmmscan -h 来检验是否安装成功 这就可以了嘛,不用怎么安装,修改环境变量即可。 export PERL5LIB=/sam/hmmmer/pfamscan:$PATH (含有pfam_scan.pl) (the path to your pfam_scan.pl should be listed if it is successfully added)可以通过如下命令来查看环境变量是否修改成功 ...
pfamscan程序-translate和python的translate冲突 报错信息: 运行pfam_scan.pl的时候报错: 报错原因: pfamscan程序-translate和python的translate冲突,报这个错是因为此时调用的是python里的translate 解决办法: 把hmm里面的translate写到PATH里面并且居于比较优先调用的位置: export PATH=/share/work/biosoft/hmmer/hmmer-2.3...
PfamScan分析系统平台是由中国科学院微生物研究所著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR0285124,属于分类,想要查询更多关于PfamScan分析系统平台著作的著作权信息就到天眼查官网!
切换模式 登录/注册 李保北 pfam命令 | pfam_scan.pl -fasta Cse.pep -dir /www/tools/PfamScan/pfamdata -outfile Cse.pfam -cpu 1 发布于 2023-04-27 19:43・IP 属地河北 赞同 1 分享 收藏 写下你的评论... 登录知乎,您可以享受以下权益: ...
git clone https://github.com/fpozoc/hp-pfamscan.git cd HP-PfamScan conda env create --file environment.yml conda activate pfamscan In case the user does not choose Conda as the desired environment, this instructions described here can be followed. Disclaimer: Pfam-B has not been uploaded ...
5pfamscan的translate选项应该怎么使用translate命令应该添加到环境变量PATH当中；这个命令应该是在安装hmmer的...