Pfam注释是指对蛋白质家族的分类和功能注释,Pfam数据库是一个广泛使用的蛋白质序列数据库,专注于蛋白质的结构和功能域。Pfam数据库通过对蛋白质序列进行比对和分析,将具有相似结构和功能的蛋白质聚集在一起,形成不同的蛋白质家族。 Pfam注释在生物信息学、基因组学和蛋白质功能研究中具有重要的应用价值,研究人员可以...
下载基因组fasta和对应的蛋白注释文件,用gffread提取cds序列和蛋白序列 蛋白序列用eggnog-mapper做注释,可以直接用在线版 http://eggnog-mapper.embl.de/ 这个也可以配置本地版,数据比较多的话还是配置本地版比较方便,但是这个软件的本地版需要对应的数据库,在国内网络不太好的话下载数据库文件还挺费劲的 注释完拿...
SEQ 3. pfam数据库的注释及本地分析 (pfam_scan), 视频播放量 195、弹幕量 0、点赞数 7、投硬币枚数 0、收藏人数 12、转发人数 2, 视频作者 桓峰基因, 作者简介 ,相关视频:SEQ 7. 蛋白序列的结构特征预测(NetSurfP3),SEQ 5. 转录本蛋白编码能力预测(CPC2),SEQ 8. 蛋白序
凌波微课-pfam在线注释凌恩生物 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多842 1 2:24 App 利用hmmer, pafm特定结构域在基因组中搜索genes 360 -- 5:07 App 凌波微课-DNAMAN实操 376 -- 1:37:26 App 凌波微课LorMe云讲堂-第17讲-王二涛:植物-根际微生物同盟的建立 1345 -- 5:53 App 凌波...
eggNOG-mapper是一款全面、高效且持续更新的软件，提供网页接口，让任何用户提交蛋白序列文件，在几分钟内完成基因功能注释。注释内容包括：具体功能描述信息、Gene Ontology注释信息、KEGG注释信息、PFAM注释信息以及其他信息。掌握注释方法后，可获取用于基因功能富集分析的输入文件，如GO富集分析、KEGG富集分析。
如何用smart和Pfam注释MEME的motif smartlmageoff,目录SMART原则SMART原则简介SMART原则详解SMART原则一S(Specific)——明确性SMART原则二M(Measurable)——衡量性SMART原则三A(Attainable)——可实现性SMART原则四R(Relevant)——相关性SMART原则五T(Time-based
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二 在线注释Pfam提供了在线分析入口,导航栏中选择SEARCH。 1、Sequence 以一条蛋白质序列为例,查找这条蛋白质序列上的结构域,可以用Sequence入口查找:点击->Sequence->输入序列->Submit。 得到这条蛋白序列上的结构域信息,以及Pfam-A数据库比对上序列,如下: 2、Batch search如果获得一个物种的基因蛋白或核酸序列,可...
在研究基因功能注释的过程中，一项关键步骤是通过发掘新基因和转录本来补充现有基因组信息。首先，利用StringTie软件对Mapped Reads进行分析，与原有注释对比，以识别未被标记的新转录区域。为实现这一点，需要构建和下载各种蛋白数据库，如Nr/Nt/GO/Kegg/Swiss-Prot/COG/KOG/eggNOG/Pfam/String等。KEGG，...