图1. 基因组尺度Perturb-seq的多路CRISPRi策略示意图,来源:Cell 为了揭示基因扰动的功能后果和基因型-表型关系,研究团队使用人类血癌细胞系以及来自视网膜的非癌细胞,对超过250万个细胞进行了Perturb-seq,并使用这些数据构建了一个基因型...
基于此,他们以前所未有的规模快速探究与关键发育基因相关的脑细胞类型,从而有助于揭示不同神经系统疾病的基因和细胞驱动因素。相关研究结果于2024年5月20日在线发表在Science期刊上,论文标题为“Massively parallel in vivo Perturb-seq reveals cell-type-specific transcriptional networks in cortical development”。 论...
2022年6月23日,来自斯坦福大学的Ansuman T. Satpathy 团队同样是利用Perturb-seq技术在Cancer Cell 上发表题为Genome-wide CRISPR screens of T cell exhaustion identify chromatin remodeling factors that limit T cell persistence 的文章。作者通过构建CRISPR筛选体系,揭示了耗竭T细胞中表观遗传学相关染色体重塑和核小...
图1. 基因组尺度Perturb-seq的多路CRISPRi策略示意图,来源:Cell为了揭示基因扰动的功能后果和基因型-表型关系,研究团队使用人类血癌细胞系以及来自视网膜的非癌细胞,对超过250万个细胞进行了Perturb-seq,并使用这些数据构建了一个基因型-表型综合图谱。研究团队根据基因的共同调控将其聚类到特定表达程序中,并计算每个...
基于此,他们以前所未有的规模快速探究与关键发育基因相关的脑细胞类型,从而有助于揭示不同神经系统疾病的基因和细胞驱动因素。相关研究结果于2024年5月20日在线发表在Science期刊上,论文标题为“Massively parallel in vivo Perturb-seq reveals cell-type-specific transcriptional networks in cortical development”。
Cell—浙江大学周围神经病研究重磅突破:CMT2周围神经病与应激颗粒中异常的G3BP相互作用相关 02:33 Cell—人造光或可引起血糖升高,甚至引起糖尿病和肥胖等代谢疾病 04:07 BMJ—健康饮食是预防记忆力下降的关键 02:41 今日最佳推荐:病毒感染,让多种神经疾病的风险增加 03:17 Nature Neurosci—血管周细胞通过...
图1. 基因组尺度Perturb-seq的多路CRISPRi策略示意图,来源:Cell 为了揭示基因扰动的功能后果和基因型-表型关系,研究团队使用人类血癌细胞系以及来自视网膜的非癌细胞,对超过250万个细胞进行了Perturb-seq,并使用这些数据构建了一个基因型-表型综合图谱。研究团队根据基因的共同调控将其聚类到特定表达程序中,并计算每个扰...
2. Adamson, B., Norman, T.M., Jost, M., Cho, M.Y., Nun˜ ez, J.K., Chen, Y., Villalta, J.E., Gilbert, L.A., Horlbeck, M.A., Hein, M.Y., et al. (2016). A multiplexed single-cell CRISPR screening p...
与此同时，美国Scripps研究所Xin Jin研究组在BioRxiv发表了Massively parallel in vivo Perturb-seq reveals cell type-specific transcriptional networks in cortical development，利用AAV在小鼠大脑皮层中进行CRISPR筛选。这一研究对86种不同的AAV进行了广泛的测试，通过结合转座子系统，实现了高效率、短时间的标记。
继续打卡一篇single cell Perturb-seq的文章,题目是:Targeted Perturb-seq enables genome-scale genetic screens in single cells。 Title 老规矩,还是先来介绍下最后的通讯作者,Lars M. Steinmetz Lars Steinmetz有两个实验室,一个是在任职为Professor of Genetics, Stanford University,另外一个是LarsGroup Leader, ...