CIF文件中的assembly字段涵盖了该文件的组装体信息。pdbx软件可以使得在python 脚本中操作这些信息,代码示例如下: _pdbx_struct_assembly import gzip import pdbx from pdbx.reader.PdbxReader import PdbxReader from pdbx.reader.PdbxContainers import DataCategory data = [] with gzip.open("5l35.cif.gz"...
链对象的id来自PDB/mmCIF文件中的链标识符,是个单字符(通常是一个字母)。模型中的每个链都具有唯一的id。例如,从一个模型对象中取出标识符为“A”的链对象: >>> chain_A = model["A"] 链对象储存着残基对象的列表。 11.2.4 残基 一个残基id是一个三元组: 异质域 (hetfield),即: 'W' 代表水分子...
在分子动力学和QM/MM计算中，最常使用的结构文件格式是.pdb，这不能通过以上软件由.cif文件方便、直接...
>>> mmtf1=atomium.open('/structures/glucose.mmtf') >>> cif1=atomium.open('/structures/1XDA.cif') >>> pdb3=atomium.open('./5CPA.pdb.gz') >>> pdb2=atomium.fetch('5XME.pdb') >>> cif2=atomium.fetch('5XME') In that latter case, you don't need the file to be saved locall...
11.1.2 读取mmCIF文件 与PDB文件的情形类似,先创建一个MMCIFParser对象: >>> from Bio.PDB.MMCIFParser import MMCIFParser >>> parser = MMCIFParser() 然后用这个解析器从mmCIF文件创建一个结构对象: >>> structure = parser.get_structure('1fat', '1fat.cif') ...