如下图所示如果assembly的id只有1个(大多数结构都只有1个),那么model的显示和assembly的显示是一致的。表明上传的model坐标就是一个完整的组装体了,无需再经过其他旋转平移操作进行组装。assembly的id为1的显示就是组装体完整的显示。 assembly的id的数量大于1的情形(以5L35为例) 如下图所示,一些病毒衣壳或者其他复...
pdbx is a parser module in python for structures of the protein data bank in the mmcif format - soedinglab/pdbx
python-mmcif-pdbx_2.0.1-2.debian.tar.xz3.2 kBb577969bf4fbe128c82a5ebb9fa62639 Debian 软件包源码仓库(VCS:Git) https://salsa.debian.org/python-team/packages/python-mmcif-pdbx.git Debian 软件包源码仓库(可在线浏览) https://salsa.debian.org/python-team/packages/python-mmcif-pdbx...
一个典型的PDB条目将包含蛋白质、小分子、离子和水的不同集合的原子坐标。 坐标部分的每个原子都由条目文件中的顺序号、具体的原子名称、所属残基的名称和编号、指定链的单字母代码、其X、Y和Z坐标以及占用和温度系数来识别。 在PDBx/mmCIF格式中,这些信息被存储在_atom_site类别中。下面显示的是条目4HHB的这一...
PDBx/mmCIF Syntax 原文链接:PDBx/mmCIF Syntax (wwpdb.org) mmCIF数据文件和字典中使用的语法来自STAR(Self-defining Text Archive and Retrieval)语法。在其最简单的形式中,mmCIF文件看起来像一个成对的数据项名称和值的集合。例如,在下面这个为单元格常数赋值的例子中,对语法的解释是直接的。
例如,在 X 射线晶体学实验中没有观察到柔性区域和氢原子,因此不包含在 PDB 坐标文件中。在其他情况下,只有一部分分子可能包含在 PDB 条目中。例如,在对称分子的 X 射线晶体结构中,PDB 条目通常仅包含复合物的一个亚基,并且需要根据亚基坐标计算完整生物组装的坐标。搜索 PDB 档案时,重要的是要考虑结构的哪些部分...