Single Molecule, Real-Time sequencing,即单分子实时测序,我们简称为 SMRT 测序,是美国太平洋公司(PACBIO)推出的一项专利技术。顾名思义,SMRT 技术核心就是能够实现单个 DNA 分子的测序,并且实时监控测序结果。 SMRT CELL 图中我们看到的这样一个小小的芯片就是一个 SMRT Cell,需要进行测序的 DNA 必须转移到这样的...
完成ZMW Loading,接下来就是最后的Sequencing,下图为SMRT bell文库的序列读取示意图,样的文库结构拥有众多优势,文库两端接头为测序通用引物提供了结合位点,具有链置换性的聚合酶将双链解开进行聚合反应(SBS),滚环测序可以得到插入片段正负链信息,例如聚合酶活性(Polymerase Read)可支持30k的读长反应,插入片段长度5k,那么...
通过Demultiplex Barcodes流程将混样样本(hifi reads)拆分,SMRT Analysis - Creat New Analysis - Demultiplex Barcodes,并按照图9设置。 图9. Demultiplex Barcodes流程 4. 文件拷贝及重命名。 拆分后的样本以demultiplex.barcode组合.hifi_reads.fastq.gz命名 (图10)。 可以将所有文件下载保存,或上传分析服务器进行...
完成ZMW Loading,接下来就是最后的Sequencing,下图为SMRT bell文库的序列读取示意图,样的文库结构拥有众多优势,文库两端接头为测序通用引物提供了结合位点,具有链置换性的聚合酶将双链解开进行聚合反应(SBS),滚环测序可以得到插入片段正负链信息,例如聚合酶活性(Polymerase Read)可支持30k的读长反应,插入片段长度5k,那么...
Revio 系统采用每张拥有 2500 万个 ZMW 的高密度SMRT Cell 芯片,能够并行运行最多 4 张 SMRT CELL 芯片,24 小时运行时间,每天可获得 360 Gb 的 HiFi reads,相当于每年能对 1300 个人类全基因组进行测序。 成本低至1,000 美元的完整定相人类基因组 ...
这段缺失长达12kb,但在Illumina短读长外显子组测序中被拷贝数变异检测错过了,可能是由于对于具有高GC含量(77.6%)的CLN6基因1号外显子的reads数覆盖率很低。 通过PacBio SMRT测序检测到的12kb缺失后经过内切酶验证,在姐姐和弟弟的CLN6基因上确实发生了一段约10kb的长片段缺失。 通过PacBio SMRT测序证实父母双方都是...
图3. 一步法PCR + >99%准确reads, 检测符合对照样品的预期组成3 高通量低成本 Sequel II 相比于前代测序平台Sequel,支持8M SMRT Cell,1张测序芯片上的零模波导孔(ZMW)由原始的100万个提升至800万个,理论通量直接提升8倍,进而提升了单Cell...
PacBio单分子实时(SMRT)测序不需要扩增步骤,可避免测序过程中引入的偏好。PacBio全长16S rRNA基因测序,只需测序前全长引物1次扩增,可较大程度上还原样本真实群落结构。 图3. 一步法PCR + >99%准确reads, 检测符合对照样品的预期组成 3 高通量低成本 ...
MHAP自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS Quiver,Arrow Sparc,PBdagcon PacBioToCA(之前说错了,这是个二代纠三代的算法) Proovread LoRDEC Ectools LSC 1.PacBioToCA实战 小问题: PBcR全称是什么?PacBio Corrected Reads (PBcR) pipeline ...
Consensus accuracy（一致性准确性）2. Sequence context bias（测序偏好性）3. Mappability of sequence reads（测序reads的map表现）本文将从专业客观的角度从这三方面详细阐述SMRT测序技术的表现，图文并茂，数据详实，请各位看官留步，细细品味。Consensus accuracy（一致性准确性）一个典型的测序过程通常...