# This is a 12-plex regular Iso-Seq (non-Kinex) run on Sequel II system consisting of ~3 million HiFi reads.# Download HiFi reads from a non-Kinnex (regular Iso-Seq) BAM file$wgethttps://downloads.pacbcloud.com/public/dataset/Kinnex-full-length-RNA/DATA-SQ2-UHRR-Monomer/1-CCS/m643...
通过PacBio SMRTbell prep kit 3.0构建Iso-Seq测序文库,适用于 PacBio Sequel II 和 Revio 仪器型号 (图2)。 图2. Iso-Seq的建库实验流程 (1)通过带有Oligo-dT的引物富集含有polyA尾的mRNA。 (2)使用 Iso-Seq RT enzyme对mRNA进行反转录。 (3)加入模板转换oligo (Template Switch Oligo, TSO) (4)通过PC...
PacBio公司研发构建这种文库的一个主要原因是,以 PacBio Seqeul II 的测序芯片为例,其SMRT芯片中有800万个零模波导孔(Zero Mode Waveguide,ZMW),每个孔在测序时只能测一条DNA分子;就目前测序的酶读长,在保证准确性达到Q30左右(千分之一的错误率)时,常规HIFI测序文库的构建长度为15-20 kb,这样其测序通量就受到...
PacBio Sequel II 测序Polymerase reads 平均读长可达 25kb 以上,N50 在 35kb 以上,另外目前单个 SMRT Cell 产量有大幅提升,安诺基因目前CLR模式单个 SMRT Cell 的数据产量平均在 110Gb 左右,而CCS模式平均单个SMRT Cell 的数据产量位250Gb左右。 SequelII平台酶读长展示 B.高一致性准确度 PacBio SMRT 测序的原...
9个样本混合测序,采用PacBio进行测序,建<1kb、1-2kb、2-3kb、>3kb 四个SMRT bell文库,总共产生~4.8G raw data(估计一下,这个项目花了多少钱呢?一个样本Hiseq转录组多少钱?一个PacBio转录组多少钱?) 主要发现 1)采用Hiseq2500 数据对PacBio RSII平台所产生的subreads进行了校正,最后得到了16,241个高...
使用PacBio Sequel I测序平台对每个品种进行SMRT测序,得到15.49~24.51GB的转录本数据。用IsoSeq3软件对原始测序数据进行ccs和lima处理,每个品种SMRT cell分别得到460340~736747条全长非嵌合序列(full-length non-chimeric reads简称FLNC,包含3 ‘ 引物、5 ‘ 引物以及polyA尾)。全长非嵌合经过IsoSeq3聚类和polish分别...
例如,利用限制性内切酶酶切18.5k的质粒,酶切片段长度范围在160bp～4kb之间并分别构建SMRT bell文库、上机测序,测出的数据如下图所示:随着插入片段的增大loading率变小。即insertion越小掉到孔里就越容易。也正因为如此,全长转录组测序时(ISO-seq),我们不能直接构建一个1～10k的文库来几乎覆盖所有长度的转录本,...
该试剂盒支持从10x Chromium Next GEM单细胞3 '试剂盒(v3.1)生成的cDNA,通过将16个cDNA串联成适配PacBio的文库大小,并在两侧添加接头适配器,就可以在Sequel II&IIe以及Revio机型上完成HiFi测序,并通过SMRT Link软件进行Reads分割及scIso-seq分析。 通过该试剂盒,您可以得到: ...
利用生物化学、光学、纳米制造等方面的先进技术,PacBio 开发了单分子实时(SMRT)测序技术。通过以单分子分辨率实时分析 DNA 分子,这项强大的技术改变了科学家对生物系统的理解。PacBio SMRT 测序具有长读长,准确率高,无基因组偏好性和在测序的同时可以检测 DNA 碱基修饰的特点,非常适合从头进行基因组组装,人类、动物...
通过巧妙地结合两种方法，Kinnex full-length RNA文库能够支持最多48个样品的混合测序：一是利用12种不同条形码的cDNA扩增PCR引物；二是采用4种不同条形码的Kinnex终端SMRTbell适配器。请注意，为优化HiFi转化率和P1 Loading效率，Kinnex接头已采用全新设计，其中正向和反向接头拥有独特结构。因此，进行Kinnex文库测序时，...