BWA-MEM 是一种新的比对算法,用于将测序 reads 或者组装后 contigs 比对至大型参考基因组,例如人参考基因组。它该算法对测序错误有良好的稳定性,适用的reads 长度范围较广,从70bp至几Mb。 GraphMap:https://github.com/isovic/graphmap MECAT:https://github.com/xiaochuanle/MECAT 中山大学研究团队开发的新工具...
Hybrid Assembly主要有两种策略,一种是Long-read first assembly (LFA),另一种是Short-read first assembly (SFA)。其中,LFA从PacBio测序开始生成contig/scaffold,然后将Illumina测序结果与其重叠在一起;而SFA则先使用短读数据进行基础模板构建,并通过替换/扩展覆盖范围内新添加的long reads优化初始参考模型。 需要注意...
BWA老牌比对软件了。BWA-MEM 是一种新的比对算法,用于将测序 reads 或者组装后 contigs 比对至大型参考基因组,例如人参考基因组。它该算法对测序错误有良好的稳定性,适用的reads 长度范围较广,从70bp至几Mb。 GraphMap:https://github.com/isovic/graphmap MECAT:https://github.com/xiaochuanle/MECAT 中山大学...
The Revio system supports a variety of applications that benefit from accurate long HiFi reads and 500 ng input DNA requirement. Its four independent stages allow different samples and applications to be sequenced in parallel. A subset of key applications is: ...
PacBio长reads的大基因组组装 原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装。long insert library; preprocessed; Overlap-Layout-Consensus algorithm...
Pacific Biosciences公司近日以单分子环形一致性测序(CCS)为基础开发出一种方案,能够在Sequel测序平台上生成高度准确的长reads。这种方法有望克服短读长测序的读长不足以及长读长测序的准确性有限的问题。 这篇题为“Highly-accurate long-read sequencing improves variant detection and assembly of a human genome”的...
PacBio HiFi reads是生成高质量人类基因组组装的理想选择,为研究单细胞基因组的区域在多大程度上可以被重新构建,研究团队选择了克隆A和克隆B中覆盖率最高的两个单细胞(A1、B1),使用Hifiasm对其进行了单独的从头组装。结果显示,T细胞A1和B1分别生成598.3Mb和454.1Mb的初级片段;序列N50值分别为35kb 和42kb ,其中最大...
为此,Pacific Biosciences公司的研究人员开发出一种方案,能够在Sequel测序平台上生成高度准确的长reads。 在PacBio、Google、NIST等机构的共同努力下,研究人员对人类男性HG002样本进行了测序,覆盖度达28倍,平均读长为13.5 kb,且准确性高达99.8%。这项成果于本周发表在预印本网站bioRxiv上。PacBio公司的David Rank和...
Pacific Biosciences公司近日以单分子环形一致性测序(CCS)为基础开发出一种方案,能够在Sequel测序平台上生成高度准确的长reads。这种方法有望克服短读长测序的读长不足以及长读长测序的准确性有限的问题。 这篇题为“Highly-accurate long-read sequencing improves variant detection and assembly of a human genome”的...
因此,在“Transcript Isoform Diversity of Y Chromosome Ampliconic Genes of Great Apes Uncovered Using Long Reads and Telomere-to-Telomere Reference Genome Assemblies”的研究中,研究人员以6种类人猿物种(倭黑猩猩、黑猩猩、人类、大猩猩、婆罗洲猩猩和苏门答腊猩猩)近期已组装的端粒到端粒(T2T)的Y染色体无gap...