--zmw Process ZMW Reads, subreadset.xml input required (activates UNROLLED preset). --hqregion Process HQ region of each ZMW, subreadset.xml input required (activates UNROLLED preset). Sequence Manipulation Options: --collapse-homopolymers Collapse homopolymers in reads and reference. -h,--help...
BWA-MEM 是一种新的比对算法,用于将测序 reads 或者组装后 contigs 比对至大型参考基因组,例如人参考基因组。它该算法对测序错误有良好的稳定性,适用的reads 长度范围较广,从70bp至几Mb。 GraphMap:https://github.com/isovic/graphmap MECAT:https://github.com/xiaochuanle/MECAT 中山大学研究团队开发的新工具...
ECTools一组工具,使用contigs代替short reads 来进行correction。 SPAdesshort read assembler,added PacBio hybrid assembly,最新version 3.0。 Cerulean从ABySS 的assembly graph开始,extends contigs by resolving bubbles in the graph,使用PacBio long reads。已成功在genomes <100 Mb的物种中运行。 **dbg2olc ** ...
Pacific Biosciences公司近日以单分子环形一致性测序(CCS)为基础开发出一种方案,能够在Sequel测序平台上生成高度准确的长reads。这种方法有望克服短读长测序的读长不足以及长读长测序的准确性有限的问题。 这篇题为“Highly-accurate long-read sequencing improves variant detection and assembly of a human genome”的...
2. LoRDEC:LoRDEC(Long Read Error Correction)是一种针对长读序列纠错的软件。它使用了短读序列和长读序列之间的连通性信息来进行纠错。 3. PBcR:PBcR(PacBio corrected reads)是一种基于重叠图的纠错算法。PBcR首先将长读序列根据重叠关系构建出一个重叠图,然后对图中的节点进行纠错。
The Revio system supports a variety of applications that benefit from accurate long HiFi reads and 500 ng input DNA requirement. Its four independent stages allow different samples and applications to be sequenced in parallel. A subset of key applications is:Library Application Per Revio SMRT Cell ...
通过靶向测序,检测到的转录本数量显著高于二代转录组测序的结果。这些数据揭示了每个基因大约2200个罕见转录本,虽然它们各自占比很小,但总体上构成了相当大比例的reads占比。本研究还发现Apoe、Clu和Snca的已知转录本占了很大比例的靶向reads。大多数基因由少数“主要”转录本组成,与现有数据库中的观察一致。
为此,Pacific Biosciences公司的研究人员开发出一种方案,能够在Sequel测序平台上生成高度准确的长reads。 在PacBio、Google、NIST等机构的共同努力下,研究人员对人类男性HG002样本进行了测序,覆盖度达28倍,平均读长为13.5 kb,且准确性高达99.8%。这项成果于本周发表在预印本网站bioRxiv上。PacBio公司的David Rank和...
PacBio HiFi reads是生成高质量人类基因组组装的理想选择,为研究单细胞基因组的区域在多大程度上可以被重新构建,研究团队选择了克隆A和克隆B中覆盖率最高的两个单细胞(A1、B1),使用Hifiasm对其进行了单独的从头组装。结果显示,T细胞A1和B1分别生成598.3Mb和454.1Mb的初级片段;序列N50值分别为35kb 和42kb ,其中最大...
Pacific Biosciences公司近日以单分子环形一致性测序(CCS)为基础开发出一种方案,能够在Sequel测序平台上生成高度准确的长reads。这种方法有望克服短读长测序的读长不足以及长读长测序的准确性有限的问题。 这篇题为“Highly-accurate long-read sequencing improves variant detection and assembly of a human genome”的...