但是像细菌16S项目,全长的16S也只有1.5kb,或者转录本长度(单个转录本的平均长度为100bp-5kb)短于文库大小,使用标准Full-length 16S rRNA 或 Iso-Seq方案对单个环化互补DNA(cDNA)分子进行CCS测序会产生过多的循环,造成大量的测序浪费,导致其无法有效地利用三代测序平台的测序潜力,所以MAS-Seq(1)应运而生。当然近...
在CCS过程中,软件是不会去除MAS-seq数据中的接头序列的。为了将接头去除,获取实际DNA分子的碱基序列,可以使用软件Skera。拆分后的数据通常称为Segmented reads. 图2. Skera对MAS-seq数据拆分 5. 演示 官方提供了一组MAS-seq文库结构的HiFi数据,我们可以拿过来学习,了解具体的输入和输出数据格式,以及Skera软件的用...
多重阵列测序(MAS-Seq), 是PacBio联合10x Genomics推出的试剂盒,利用10x Genomics单细胞基因表达技术的工具包解决方案,实现低成本的长片段读取单细胞RNA测序。 该技术最初来源于2021年的一篇文献(High-throughput RNA isoform sequencing using programmable cDNA concatenation | bioRxiv),后经PacBio参考引入升级,以新...
传统的PacBio转录组产品在利用CCS模式进行mRNA测序时(sequel II/IIe system),获得5Mb HiFi reads需要付出较高科研成本,因此出现了“三代+二代转录组”的检测方案,既能保证全长转录本信息的获取,又能实现基因/转录本的定量。而PacBio新发布的Kinnex 全长RNA测序试剂盒采用 MAS-Seq 方法来提高 PacBio 长读长测序...
去年10月底,PacBio与麻省理工学院 Broad 研究所、哈佛大学以及 10x Genomics, Inc. 合作推出一款多重阵列测序 (MAS-Seq) 试剂盒,结合10×Genomics全长cDNA实现高通量低成本scIso-seq。 单细胞Iso-seq(scIso-seq)可以揭示单细胞全长转录本异构体(isoform),获得更高分辨率的转录组信息,深层次挖掘基因融合事件,但仍...
PacBio即日宣布启动一项计划,旨在将多重阵列测序(MAS-Seq)扩展到Sequel II/IIe和Revio™测序系统的新检测项目上。 PacBio(纳斯达克股票代码:PACB),一家领先的高质量、高精度测序解决方案开发商,即日宣布启动一项计划,旨在将多重阵列测序(MAS-Seq)扩展到Sequel II/IIe和Revio™测序系统的新检测项目上。这项计划...
Kinnex试剂盒采用MAS-Seq串联的方式,通过将短的全长cDNA或全长16S扩增子串联成一个长文库,可大幅提高PacBio长读长测序系统的通量。Kinnex试剂盒包括Kinnex 全长RNA试剂盒、Kinnex单细胞RNA试剂盒以及Kinnex全长16S rRNA试剂盒三种。基于Kinnex试剂盒,您可以高度准确地预测蛋白质,识别异构体,表征剪接事件,把单细胞UMI和...
测序公司PacBio近日宣布,它已经开始接受Kinnex RNA试剂盒的订单。这种突破性的试剂盒能够在PacBio长读长测序系统上提高全长RNA、单细胞RNA和16S rRNA测序的通量,推动大规模的研究。 Kinnex试剂盒是基于MAS-Seq方法,将较小的DNA片段连接成较长的可用于HiFi测序的文库。短读长测序难以覆盖整个转录本,而对一条转录本进...
Kinnex全长RNA测序试剂盒基于MAS-seq技术,将小片段的cDNA分子串联成较长的可用于HiFi测序的单分子长片段,串联分子测序产生的HiFi reads通过生物信息学拆分即可还原原始cDNA序列。与典型的Iso-seq 文库相比,其通量提高了8倍。同时该技术还支...
为了应对不断增长的转录组学市场，PacBio去年年底推出了MAS-seq方法，客户可以将较小的插入物串联成一个...