全长转录组(Full-length transcriptome)测序和分析是基于PacBio和Oxford Nanopore三代测序平台,利用其长读长的特性,建库测序时无需对RNA进行打断,如直接获得包含5’UTR、3’UTR、polyA尾的mRNA全长序列及完整结构信息,从而准确分析有参考基因组物种的可变剪接及融合基因等结构信息,克服无参考基因组物种转录本拼接组装较...
全长的非嵌合reads文件isoseq_flnc.fasta 非全长的序列 isoseq_nfl.fasta 全长转录本的初稿 isoseq_draft.fasta, 中间文件可以忽略掉 pbtranscript classify test.ccs.xml isoseq_draft.fasta --flnc=isoseq_flnc.fasta --nfl=isoseq_nfl.fasta #* 输出结果类似于├── ccs.xml ├── css.bam ├──...
IsoSeq应用程序适用于分析SMRT测序技术生成的数据,能够对转录本和剪接变体进行功能鉴定。 Iso-Seq分析运行可选择从头开始(de novo)或基于参考序列的模式运行。 它包括三个主要步骤: 分类:从PacBio系统(或SMRT Cell)运行中提取插入片段的序列;去除cDNA引物和poly-A;然后将插入片段的读取序列分成嵌合或非嵌合、全长或...
利用PacBio Iso-Seq测序技术,科学家们可以获得高准确度长读长的HiFi reads(QV>99%, reads length >10kb),一条reads可以轻松覆盖完整的isoform,而不需要进行组装等生物信息学分析。随着科学家们采用PacBio Iso-Seq方法来进行转录组学的探索,越来越多的研究表明采用这种长读长高准确度的测序方法发现了更多的转录多样...
方法/步骤 1 1，Iso-seq 的建库类型有哪些？ 目前三代 iso-seq 的建库过程涉及到对 4kb 以下和 4kb 以上的片段分别进行筛选,然后将 4kb以上和 4kb 以下的转录本进行混合构建 1 个三代全长转录组文库，这也是目前 PacBio 官方推荐的主流建库方式。2 2. 如果我构建两个文库，是一个库生成一个文件吗？还...
PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段。但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组装。可改善基因表达定量结果,发现新的基因和转录异构体,鉴定可变剪切及基因融合现象。
PacBio Sequel II测序平台Iso-Seq混样测序数据表现 结果显示,混样测序的样本虽然来自不同物种,但是产出情况还是比较均匀的,各个样本的数据产出占比相差不大,都在≤7%的差距范围内。同时,最让小贝吃惊的是这96.64%的拆分效率,远远超过了预期,为混样测序策略的执行提供了强有力的保障!
PacBio即日宣布启动一项计划,旨在将多重阵列测序(MAS-Seq)扩展到Sequel II/IIe和Revio™测序系统的新检测项目上。 PacBio(纳斯达克股票代码:PACB),一家领先的高质量、高精度测序解决方案开发商,即日宣布启动一项计划,旨在将多重阵列测序(MAS-Seq)扩展到Sequel II/IIe和Revio™测序系统的新检测项目上。这项计划...
为解决以上问题,PacBio 推出了 MAS-Seq试剂盒,通过将短的 cDNA 进行串联建库的方式连接起来再进行HiFi测序,从而解决了长读长单细胞 RNA 测序的通量瓶颈。 PacBio MAS-Seq的主要特点:1. 支持由 10x Chromium Next GEM Single Cell 3' 试剂盒 (v3.1) 生成的 cDNA;2. cDNA 起始量为 15-75 ng;3. 相较于...
多重阵列测序(MAS-Seq), 是PacBio联合10x Genomics推出的试剂盒,利用10x Genomics单细胞基因表达技术的工具包解决方案,实现低成本的长片段读取单细胞RNA测序。 该技术最初来源于2021年的一篇文献(High-throughput RNA isoform sequencing using programmable cDNA concatenation | bioRxiv),后经PacBio参考引入升级,以新...