【OrthoFinder】直系同源单拷贝基因构建细菌基因组进化树# 专栏地址:https://www.bilibili.com/read/cv13118782# 进化树可视化地址:https://xiaochi.chifei3d.com/static/xiaochiPlot/src/normalTree.html, 视频播放量 6516、弹幕量 8、点赞数 115、投硬币枚数 97、收藏人
orthofinder -b ./Plant_test_data/OrthoFinder/Results_TEST/WorkingDirectory/ -t 1 -S diamond -og -n TEST2.4 输出结果输出结果主要信息:共有基因家族和共有基因;各物种特有基因家族和特有基因,单拷贝基因家族和单拷贝基因;未能形成基因家族的物种特有基因。下面是Orthofinder运行后的输出信息:OrthoFinder assigned...
二、运行OrthoFinder/orthofinder -f OrthoFinder/ExampleData#自己的数据集的话需要将OrthoFinder/ExampleData替换为你的蛋白序列文件所在的文件夹位置。#OrthoFinder 将查找具有以下任何文件扩展名的输入 fasta 文件：.fa.faa.fasta.fas.pep 三、结果文件 默认情况下，OrthoFinder在输入目录中创建一个...
旁系同源基因:没有共进化信息,是在同一基因组中的横向加倍,功能上没有严格要求,可能相似,但也可能并不相似(尽管结构上具一定程度的相似),甚至于没有功能(如基因家族中的假基因)。 Orthofinder工作原理: (c/d)基于所有的同源基因的进化树的情况,推断物种的有根树。基于STAG(Species Tree Inference from All Genes...
1. 源码编译安装:从OrthoFinder官方网站下载源码,配置环境变量并编译安装。 2. 包管理器安装:根据Linux系统的包管理器(如apt、yum等),搜索并安装OrthoFinder相关的包。 四、配置OrthoFinder 安装完成后,我们需要对OrthoFinder进行一些基本的配置,包括设置相机参数、选择图像输入设备等。具体配置方法可以参考OrthoFinder的官方...
https://github.com/davidemms/OrthoFinder 可以下载之后源码安装,也可以用conda安装: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 conda install-y orthofinder ps:强烈建议安装DIAMOND 2. 准备输入数据 OrthoFinder所需的输入数据很简单,把每个物种的蛋白序列放进单独的fasta文件中,然后把这些fasta文件放到一个...
conda install - c bioconda orthofinder 二、使用 #测试数据一(从github上clone下载整个包,其中包含很多后续会用到的脚本工具),拷贝ExampleData到virus_orthofinder_analysis文件夹 orthofinder -f ~/input/virus_orthofinder_analysis/ #测试数据二(从Ensembl下载基因组注释pep数据) ...
Orthofinder是一款专门用于直系同源基因聚类分析的工具。它通过寻找正交群和直系同源物，推断有根基因树，并识别这些基因树中的所有基因重复事件。同时，Orthofinder还能够为所分析的物种推断出有根的物种树，并将基因树中的基因重复事件映射到物种树的分支上，提供全面的统计数据，为比较基因组分析提供支持。要...
相比之下，旁系同源基因源自基因组内的横向复制，其功能关系相对宽松。它们可能在结构上存在相似性，但功能上并不一定要求一致，甚至有些假基因可能没有实际功能。这些基因的差异性反映了基因家族的多样性。Orthofinder的运作机制则依赖于对同源基因的深入研究。首先，它利用STAG算法，从无根基因树构建无根...
除了基本的用法外,以下是一些进阶用法,可以帮助你更好地利用 Orthofinder 进行基因组分析。 1.自定义参数 Orthofinder 允许用户使用自定义参数进行运行,以满足特定需求。你可以通过以下步骤来自定义参数: –打开 Orthofinder 配置文件(OrthoFinder/config/)。 –在文件的相应部分更改默认参数,如 BLAST e-value 阈值、...