因为orthofinder是由python2编写的。 conda install orthofinder# 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作。 # 由于是刚开始搭建,这里没有给orthofinder单独一个环境空间,这一套下来,基本的基因分析软件都安装好了。 包括两两比对软件:blast,diamond。# diamond快,且宣称其方法和比对结果并不比blast逊色 包括多重...
https://github.com/davidemms/OrthoFinder/blob/master/OrthoFinder-manual.pdf 一、安装 conda create -n orthofinder conda activate orthofinder conda install - c bioconda orthofinder 二、使用 #测试数据一(从github上clone下载整个包,其中包含很多后续会用到的脚本工具),拷贝ExampleData到virus_orthofinder_analysis...
可以尝试查看Orthofinder的官方文档或者GitHub页面,了解所需的软件包版本,并使用conda安装对应版本的软件包。 网络问题:安装软件包时需要从远程服务器下载,如果网络连接不稳定或者被防火墙阻止,可能导致安装失败。可以尝试使用代理服务器或者更换网络环境,重新安装Orthofinder。 安装源配置错误:conda默认使用的是官方的软件源,...
一、conda安装 见链接: miniconda的安装与使用(见链接:) miniconda的安装与使用www.jianshu.com/p/825d90d6e8a0 二、使用conda安装Orthofinder conda install -c bioconda orthofinder (一行命令即可) 但是在我安装的过程中第一次一直不可以,报错如下: Solving environment:failed with initial frozen solve:Retry...
要在Conda 环境中安装 OrthoFinder,你可以按照以下步骤操作: 打开命令行界面: 这通常意味着你需要打开你的终端(在 Linux 或 macOS 上)或命令提示符/PowerShell(在 Windows 上)。 输入安装命令: 在命令行界面中,输入以下命令来安装 OrthoFinder: bash conda install -c bioconda orthofinder 这条命令会从 Bioconda...
>你好! 这是你以为的使用conda安装orthofinder **conda install orthofinder** >或者稍微高级一点 **conda install -c bioconda orthofinder** !! 应该在大多数conda用户的计算机上这个方法会出现环境冲突!这个时候就会有人想起来使用conda创建新环境之后再安装。
至此,利用orthomcl寻找同源基因的便捷软件orthomcl-pipline安装完成,orthomcl-pipline工具能在满足使用最新版orthomcl工具分析的基础上,既能省去了官方orthomcl的使用就需要13个过程的复杂步骤,通过带入输入文件就可以直接得到想要的信息,而且极大程度上节省了时间,虽然安装繁琐,但是使用起来很方便简单。 OrthoFinder的安装...
condainstall-c biocondaorthofinder=2.5.4 -y 我自己尝试过重新安装diamond,或退回低版本diamond2.0.5,但是还是不行。 github上有相关的讨论和具体问题出现的原因,以及一些解决办法(https://github.com/davidemms/OrthoFinder/issues/826),但我个人认为在新版本更新解决这个问题之前,最好的方式就是退回上一个版本的or...
如何在win10子系..如题,生科竞赛要用。目前只装了一个乌班图的linux子系统,求大佬教教怎么在系统里装orthofinder
老师看看orthofinder安装这个软件conda没有收录吧，所以安装不了，你要么自己阅读官方文档自行安装，课程学习...