正式运行Orthofinder，相当简单的操作, -f 输入目录，里面包含你需要运行的蛋白质fasta文件， -t 所用到的CPU数目。基本的用法就如下，更多的可以去manual中查看。生成的结果会存储于Results_XXX文件中，现在简单看看里面有啥。 正交群以两种不同的格式返回，一种是制表符分隔的表格格式（* .csv）...
#用miniconda安装的orthofinder找不到示例文件,就直接下载orthofinder包,然后将里头的ExampleData复制到服务器里的orthofinder文件里。 #运行orthofinder:orthofinder -f ExampleData/ -S diamond -M msa -T raxml -t 8 ①参数介绍及选择 orthofinder -f Dataset -M msa -S diamond -T iqtree -t 24 -a 24 > ...
使用R简单分析Orthofinder的结果 安装加载以下R包 install.packages("micropan")install.packages("phangorn")library(micropan)library(phangorn) 读取Orthofinder中正交群的文件。结果文件将正交群存储为制表符分隔表,其中每一行是正交群,其名为OG,后跟7位数字(例如OG0000123)。表中的每列对应一个物种,并且与fasta文件...
使用R简单分析Orthofinder的结果 安装加载以下R包 install.packages("micropan") install.packages("phangorn") library(micropan) library(phangorn) 读取Orthofinder中正交群的文件。结果文件将正交群存储为制表符分隔表,其中每一行是正交群,其名为OG,后跟7位数字(例如OG0000123)。表中的每列对应一个物种,并且与fasta...