当我满心欢喜期待问题解决的时候,运行orderCells仍然出现同样的报错,问题依然存在! 于是我怀疑刚刚改过的包并没有被成功加载,加载的,是之前新版本的monocle包,于是我重启R studio ,重新来了一遍,发现到monocle加载不了,显示没有这个包,推测这是因为我修改后的monocle包虽然被我拖到library文件夹中了,但是并没有被成...
两边第一次运行,orederCells这步都遇到一样的问题 解决办法就是,更改原包代码,重新本地安装 存一下解决办法 1.下载一个2.24.0版本的gz.tar: 2. 解压出一个monocle文件夹,里面找到/monocle/R/order_cell.R函数文件,打开编辑 3.删掉下文中的一行 if(class(projection) != 'matrix') projection <- as.matr...
monocle 2.24.1 orderCells 函数报错问题 原函数包自身的问题罢了,解决办法也很简单: 1.下载一个2.24.0版本的:/packages/3.15/bioc/src/contrib/Archive/monocle/ 2. 解压出一个monocle文件夹,里面找到/monocle/R/order_cell.R函数文件,打开编辑 3.删掉下文中的一行 if(class(projection) != 'matrix') project...
monocle 2.24.1 orderCells() Error in if (isSparseMatrix(counts)) { : the condition has length > 1 Calls: subMonocle2 ... estimateSizeFactors -> .local -> estimateSizeFactorsForMatrix 查到的常规解决办法是https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/486 但使用github上给出的...
4. save the 'order_cell.R' file. 5. windows 安装 7-Zip 软件,先压缩成tar文件,再压缩成gz文件。 6. 安装monocle_2.24.0.tar.gz软件。 7.Done. and managed to run the 'orderCells(cds)'. ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 7人点赞 单细胞测序 更多精彩内容,就在简书APP "小...
这个monocle2的orderCells报错我们已经多次分享了,无非就是R包升级导致的问题,见:解决monocle中orderCells报错的一波三折,如果是在个人电脑,无论是Mac还是Windows我们很容易跟着上面的教程解决这个monocle2的orderCells报错,但是很多小伙伴是在Linux环境的服务器使用monocle2,因为拟时序分析非常耗费计算机资源。但是好多人在...
Hi Monocle works well on 10x dataset about 3k cells, but when I move on to larger dataset like about 30k cells, the orderCells() takes about 36 hours, I wonder whether this step can be paralleled? Thanks.Collaborator Xiaojieqiu commented Aug 3, 2017 Hi Yifang, Monocle 2 should be ...
1. windows平台上无论利用socket()函数还是WSASocket()函数创建的socket都是阻塞模式的： SOCKET WSAAPI ...
#---##Order cells (calculate pseudotime) by dimension reduction results (not PCA) produced by reduceDimension()Monocle2_object<-orderCells(Monocle2_object,num_paths=1)#---##Show the dimention reduction and pseudotime resultsplot_cell_trajectory(Monocle2_object)...
Now that I've utilized your update I can get past orderCells(). However, I cannot get retrieve BEAM() results. `BEAM_res <- BEAM(monocle_cds, branch_point = 1, cores = 8) Error in if (progenitor_method == "duplicate") { : the condition has length > 1` I never returned this ...